综合工时制度需要告知员工。这是用人单位应尽的义务，以确保员工的知情权。
分析说明：
- 法律依据：根据《劳动法》的相关规定，用人单位应当如实告知劳动者工作内容、工作地点、职业危害、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况。综合工时制度作为劳动者工作时间的重要安排，直接关系到劳动者的休息权益和劳动报酬，因此用人单位有义务将其告知员工。
- 告知方式：用人单位可以通过劳动合同、员工手册、规章制度等方式，明确告知员工综合工时制度的具体内容，包括工作时间、休息休假、加班规定等。这样做不仅符合法律要求，也有助于增强员工的归属感和信任感。
- 未告知的后果：如果用人单位未将综合工时制度告知员工，可能会引发劳动争议。员工可能会因不了解工作时间安排而产生误解，甚至可能因此提出辞职或要求经济补偿。此外，用人单位还可能面临劳动监管部门的处罚。
结论补充说明：
综合工时制度的告知是用人单位与劳动者建立劳动关系过程中的重要环节。用人单位应当确保员工充分了解并同意该制度，以避免潜在的劳动争议和法律风险。同时，员工也应当主动了解并遵守用人单位的规章制度，共同维护和谐稳定的劳动关系。
行动建议：
- 对于用人单位而言，建议制定完善的综合工时制度，并通过合法有效的途径将其告知员工。
- 对于员工而言，建议在入职时仔细阅读劳动合同和用人单位的规章制度，了解并遵守综合工时制度的相关规定。如有疑问或不满，可及时与用人单位沟通或寻求法律援助。