公司擅自删除打卡记录可能构成违法行为，但具体是否违法需结合实际情况判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、从法律义务角度分析
证据保存义务：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条，发生劳动争议时，当事人有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。打卡记录作为员工出勤情况的重要证据，通常由用人单位负责保存和管理。如果公司擅自删除这些记录，可能被视为妨碍劳动者维权或逃避法律责任的行为。
侵犯劳动者权益：
- 删除打卡记录可能导致劳动者在维权时缺乏关键证据，从而无法证明自己的出勤情况和应得的劳动报酬，如工资、加班费等。这种行为可能损害劳动者的合法权益，构成对劳动者权益的侵犯。
二、从实际影响角度分析
对劳动仲裁和诉讼的影响：
- 如果劳动者与公司发生劳动争议并申请劳动仲裁或提起诉讼，打卡记录是重要的证据之一。公司删除打卡记录可能导致仲裁机构或法院无法准确查明事实，从而影响裁决结果，使劳动者可能面临不利后果。
对公司信誉和形象的影响：
- 擅自删除打卡记录可能损害公司的信誉和形象，让员工对公司的管理产生质疑和不信任。这可能导致员工流失率上升，影响公司的正常运营和发展。
三、从合法性考量角度分析
合理删除与非法删除的界限：
- 如果公司因技术故障、系统升级等原因需要删除旧的打卡记录，并且已经提前通知员工并采取了合理的备份措施，确保员工权益不受影响，那么这种行为可能是合法的。
- 然而，如果公司为了掩盖违法行为或逃避法律责任而故意删除打卡记录，如为了隐瞒超时加班、未支付加班工资等违法行为，则显然是非法的。
员工知情权和同意权：
- 在删除打卡记录之前，公司应该告知员工并获得其同意（除非法律另有规定）。如果公司未经员工同意就擅自删除打卡记录，可能侵犯了员工的知情权和同意权，构成违法行为。
四、法律建议与风险提示
公司应谨慎处理打卡记录：
- 公司应认识到打卡记录的重要性，并谨慎处理。在删除打卡记录之前，应确保有合理的理由，并提前通知员工，采取必要的备份措施，以避免可能的法律纠纷。
员工应保护自身权益：
- 员工应意识到打卡记录的重要性，并采取措施保护自己的合法权益。如遇公司无故删除打卡记录导致权益受损，可依法向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。
遵循法律规定与诚信原则：
- 公司在处理打卡记录等员工信息时，应遵循相关法律法规和诚信原则，确保员工权益得到妥善保护。同时，员工也应遵守公司规章制度，共同维护和谐的劳动关系。
总结来说，公司擅自删除打卡记录是否违法，需根据具体情况判断。如果公司出于合理的管理目的，且未损害员工权益，同时符合公司规定与员工知情同意，则可能不构成违法。但如果公司为了掩盖违法行为或逃避法律责任而故意删除打卡记录，或未经员工同意擅自删除，则可能构成违法行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。