公司一般不能随意删除员工的打卡记录，并以此为由声称员工没打卡。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
打卡记录的法律性质：打卡记录属于员工出勤情况的客观记录，是公司管理员工出勤、计算工资等的重要依据。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有义务保存员工的考勤记录，且这些记录应当真实、完整。
公司的义务与责任：公司作为管理者，有责任确保考勤系统的正常运行，并妥善保存员工的打卡记录。如果公司擅自删除打卡记录，导致员工出勤情况无法核实，公司可能因此承担不利后果，如无法证明员工缺勤而需支付全额工资等。
员工的权益保护：员工有权要求公司提供完整的打卡记录作为出勤证明。如果公司拒绝提供或删除打卡记录，员工可以向劳动监察部门投诉，要求公司恢复记录或提供其他证明出勤情况的证据。在劳动争议中，如果公司无法提供有效的打卡记录，仲裁机构或法院可能会倾向于采纳员工的主张。
实际操作角度
打卡系统的管理：公司通常使用电子打卡系统来记录员工的出勤情况。这些系统一般具有数据备份和恢复功能，以确保数据的完整性和安全性。因此，公司擅自删除打卡记录在技术上可能并不容易实现，且一旦删除，恢复起来也可能比较困难。
公司的管理规范：正规的公司会有完善的管理制度和流程，包括考勤管理。这些制度和流程通常会明确规定打卡记录的保存期限、使用方式和保密要求等。因此，公司擅自删除打卡记录可能违反其内部管理规范，并可能因此受到内部纪律处分。
应对建议
保留证据：如果你发现公司删除了你的打卡记录，并试图以此为由声称你没打卡，你应立即保留相关证据，如截图、邮件通知等。这些证据将有助于你在后续的劳动争议中证明自己的出勤情况。
与公司沟通：在保留证据的同时，你可以尝试与公司沟通，要求公司恢复打卡记录或提供其他证明你出勤情况的证据。如果公司拒绝配合，你可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
寻求法律帮助：如果劳动争议无法通过沟通解决，你可以考虑寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
总之，公司一般不能随意删除员工的打卡记录。如果你遇到此类问题，请保留好相关证据，并及时与我联系，我将为你提供专业的法律帮助。