结论：公司删除员工考勤记录是否违法，需结合具体情况判断，但若公司未经法定程序单方面删除涉及员工切身利益的考勤记录，通常构成违法行为。以下是具体分析：

一、法律基础与违规认定

1. 考勤记录的法律性质
   根据《劳动合同法》第四条，考勤记录属于直接涉及劳动者切身利益的规章制度范畴（如工作时间、劳动纪律），其制定、修改或废止需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。公司单方面删除考勤记录，未履行法定程序，可能被认定为违法。

2. 证据效力与举证责任
   根据《劳动争议调解仲裁法》第六条，考勤记录是证明劳动关系、工作时间、工资发放等的关键证据。若公司删除考勤记录导致员工无法举证，可能承担不利后果（如补发工资、支付加班费等）。

二、公司删除考勤记录的常见情形与法律后果

1. 故意删除以逃避责任

   • 情形：公司为拒绝支付加班费、未签劳动合同双倍工资等，故意删除考勤记录。
     
   • 法律后果：
     
     • 员工可依据《劳动合同法》第三十八条，以“未提供劳动条件”为由解除劳动合同，并主张经济补偿；
       
     • 公司可能因篡改证据被劳动仲裁委或法院认定存在过错，需承担赔偿责任。

2. 管理疏忽或系统故障

   • 情形：公司因管理漏洞或技术问题误删考勤记录。
     
   • 法律后果：
     
     • 若公司能证明删除非故意，仍需承担举证不利后果（如无法反驳员工主张的加班事实）；
       
     • 员工可要求公司通过其他证据（如监控录像、同事证言）还原考勤情况。

三、员工应对策略

1. 立即取证

   • 电子证据：通过截屏、录屏等方式固定考勤记录（需显示公司名称、员工姓名、考勤时间等信息）；
     
   • 书面证据：收集工资条、排班表、同事证言等辅助证明；
     
   • 沟通记录：保留与公司协商的录音、邮件、聊天记录等。

2. 协商与投诉

   • 协商：与公司人力资源部门或上级沟通，要求恢复考勤记录或出具书面说明；
     
   • 投诉：向当地劳动监察大队举报公司违法行为（如未提供劳动条件、篡改证据）。

3. 申请劳动仲裁

   • 诉求：除要求恢复考勤记录外，可主张补发工资、加班费、经济补偿等；
     
   • 流程：提交仲裁申请书、证据材料（如考勤记录复印件、证人证言）至劳动仲裁委。

4. 提起诉讼

   • 条件：对仲裁结果不服的，可在15日内向法院起诉；
     
   • 注意：诉讼需由员工承担举证责任，建议提前咨询律师完善证据链。

四、预防建议

1. 员工端：

   • 定期备份考勤记录（如拍照、截图）；
     
   • 发现考勤异常时，立即与公司核对并留存书面记录。

2. 公司端：

   • 完善考勤管理制度，明确记录保存期限（通常不少于2年）；
     
   • 删除考勤记录前需经职工代表大会或工会同意，并留存会议纪要。

总结：公司删除考勤记录是否违法，关键看是否履行法定程序及是否存在主观恶意。员工应优先取证，通过协商、投诉或法律途径维权。若需进一步分析具体案情，可直接向我咨询。