公司恶意删除考勤记录，这明显是不合法的行为，员工有权采取措施维护自己的合法权益。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题，并提供相应的法律建议。
一、法律背景
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条的规定：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”考勤记录作为用人单位掌握管理的重要证据，对于证明员工的工作时间、加班情况等具有关键作用。因此，公司恶意删除考勤记录，实际上是在逃避其应承担的举证责任，这是违法的。
二、法律建议
收集其他证据：
- 尽管考勤记录被删除，但员工仍应尽力收集其他能够证明工作时间的证据，如工作邮件、工作记录、同事证言等。
- 这些证据可以辅助证明你的工作时间和加班情况，为后续的劳动仲裁或诉讼提供有力支持。
与公司协商：
- 在发现考勤记录被删除后，员工可以首先尝试与公司进行协商，要求公司恢复考勤记录或提供其他证明工作时间的证据。
- 协商过程中，可以明确告知公司其行为的违法性，并要求公司承担相应的法律责任。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司承担因删除考勤记录而导致的举证不能的不利后果。
- 在申请劳动仲裁时，应提交相关证据材料，包括但不限于工作邮件、工作记录、同事证言等，以证明你的工作时间和加班情况。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
- 在诉讼过程中，应充分准备证据材料，并可能需要聘请专业律师进行代理，以提高胜诉的几率。
三、可能的法律后果
- 如果公司被认定存在恶意删除考勤记录的行为，且无法提供其他证明员工工作时间的证据，那么根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，公司可能需要承担举证不能的不利后果，即可能被认定员工存在加班情况，并需支付相应的加班费。
- 此外，公司还可能因违反劳动法律法规而面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
四、进一步思考
- 在处理此类问题时，员工应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击等不当方式。
- 同时，员工也应增强自我保护意识，及时收集和保存相关证据材料，以便在需要时能够维护自己的合法权益。
综上所述，公司恶意删除考勤记录是违法的行为，员工有权采取措施维护自己的合法权益。如果你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。