员工在工作期间查出重病，涉及多个方面的处理，以下为你详细阐述：
医疗期相关权益
- 享有法定医疗期
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。比如实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。在医疗期内，用人单位不得随意解除劳动合同。
- 医疗期内的工资待遇
在医疗期内，企业应当按照规定支付病假工资或者疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。这是保障员工在患病治疗期间基本生活的重要规定。例如某地最低工资标准为2000元，那么企业支付给患病员工的病假工资不得低于1600元。
劳动合同的处理
- 医疗期内合同到期
如果员工医疗期未满，劳动合同期限届满，用人单位不得终止劳动合同，劳动合同的期限应自动延续至医疗期满为止。这是为了充分保障患病员工在医疗期间的合法权益，避免因合同到期而失去工作和相关保障。
- 医疗期满后合同处理
- 能从事原工作：医疗期满后，员工能够从事原工作的，劳动合同继续履行。
- 不能从事原工作但能从事另行安排的工作：如果员工不能从事原工作，用人单位应当根据员工身体状况另行安排适当的工作。若员工能够胜任新安排的工作，劳动合同继续履行。
- 不能从事原工作也不能从事另行安排的工作：若员工既不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以依据《劳动合同法》第四十条的规定，提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。但同时，用人单位需要按照规定向员工支付经济补偿金，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
社会保险相关
- 医疗保险报销
员工在工作期间查出重病，其医疗费用可以通过基本医疗保险进行报销。用人单位应当按照规定为员工缴纳基本医疗保险费，员工在定点医疗机构就医时，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
- 工伤保险（若符合条件）
如果员工所患重病与工作有直接关系，例如因工作原因接触有害物质导致患病，可能被认定为工伤。此时，员工可以享受工伤保险待遇，包括工伤医疗待遇、伤残津贴、一次性伤残补助金等。用人单位需要在规定时间内为员工申请工伤认定，若用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤员工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
其他保障
- 病假期间的福利
除了工资待遇外，员工在病假期间还可能享有其他福利，如用人单位提供的补充医疗保障、节日福利等，具体根据用人单位的规章制度和劳动合同约定来确定。
- 劳动能力鉴定
如果员工病情较为严重，可能影响劳动能力，员工或者其用人单位可以向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。劳动能力鉴定结论将作为确定员工伤残等级、享受相应工伤保险待遇或者用人单位解除劳动合同的重要依据。
如果员工在工作期间查出重病遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。