员工在职期间查出重大疾病，赔偿问题需分情况讨论，主要涉及医疗期、病假工资、医疗补助及可能的解除劳动合同补偿等，具体如下：

1. 医疗期内的权益保障
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤停止工作治病休息时，用人单位不得解除劳动合同，且需给予3-24个月的医疗期（具体期限根据工龄和单位工作年限确定）。医疗期内，用人单位应按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资或疾病救济费，并继续缴纳社会保险。

2. 医疗期满后的处理

   • 若员工能继续工作：用人单位应安排原岗位或适当岗位，不得因病降低待遇。
     
   • 若员工不能从事原工作，也不能从事另行安排的工作：用人单位可提前30日以书面形式通知或额外支付1个月工资后解除劳动合同，但需支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）及不低于6个月工资的医疗补助费（若患重病或绝症，医疗补助费可适当提高）。
     
   • 若用人单位未依法处理：员工可主张违法解除赔偿金（经济补偿金的2倍）。

3. 工伤保险的适用情形
   若重大疾病与工作相关（如职业病），则属于工伤范畴，员工可享受工伤保险待遇，包括医疗费、伤残津贴、一次性伤残补助金等，具体按《工伤保险条例》执行。

4. 其他可能的补偿

   • 商业保险：若用人单位为员工购买了补充医疗保险或重大疾病保险，员工可按保险合同约定申请理赔。
     
   • 慈善救助或社会援助：符合条件的员工可申请当地民政部门的医疗救助或慈善组织帮扶。

建议行动步骤：

1. 员工应保留诊断证明、医疗记录等证据，及时向用人单位书面告知病情；
   
2. 与用人单位协商医疗期、病假工资及后续安排；
   
3. 若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，维护合法权益。
   

如有进一步疑问或需具体计算补偿金额，可直接向我咨询。