当员工患有重大疾病时，公司应依据相关法律法规和公司政策，采取一系列合理且人性化的处理措施。以下是一些建议的处理步骤和考虑因素：
一、法律合规性处理
劳动合同处理：
- 根据《劳动法》及相关规定，若员工因重大疾病无法继续从事原工作，且经劳动鉴定委员会确认不能从事用人单位另行安排的工作，公司可以依法解除劳动合同。
- 在解除劳动合同时，公司应按照员工在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金。同时，对于患重病的员工，还应发给不低于六个月工资的医疗补助费，且患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十。
医疗期保护：
- 在员工患病期间，公司应给予一定的医疗期，医疗期内不得解除劳动合同（除非符合法定解除条件且已履行相应程序）。
- 医疗期的具体长度根据员工的工作年限和病情严重程度确定，应确保员工有足够的时间进行治疗和康复。
二、人性化关怀与支持
提供医疗援助：
- 公司可以协助员工了解并申请相关的医疗救助、医疗保险等福利，减轻员工的经济负担。
- 若公司有设立员工医疗互助基金或类似机制，应及时告知员工并协助其申请。
工作调整与安排：
- 根据员工的身体状况和医生建议，公司可以考虑调整员工的工作岗位或工作内容，以适应其当前的身体状况。
- 若员工需要长期治疗或康复，公司可以与其协商安排灵活的工作时间或远程工作等方式，以便员工能够兼顾治疗和工作。
心理支持与辅导：
- 重大疾病不仅影响员工的身体健康，还可能对其心理造成巨大压力。公司可以提供心理咨询服务或安排心理辅导，帮助员工缓解焦虑、抑郁等负面情绪。
三、内部政策与流程优化
完善员工健康管理制度：
- 公司应建立健全员工健康管理制度，定期组织员工进行体检，及时发现并干预潜在的健康问题。
- 对于患有重大疾病的员工，公司应建立专门的健康档案，跟踪其治疗进展和康复情况。
优化请假与报销流程：
- 简化员工因病请假的流程，确保员工能够及时获得批准并安心治疗。
- 优化医疗费用报销流程，提高报销效率，减轻员工的经济压力。
四、具体案例参考（以西藏地区为例）
- 若公司位于西藏地区，且员工参加了职工医疗互助保障活动，那么员工在确诊患有重大疾病后，可以按照活动规定领取相应的互助金。公司应协助员工了解并申请这些福利，确保员工能够及时获得经济支持。
五、持续沟通与关注
- 公司应与员工保持持续沟通，了解其治疗进展和康复情况，及时提供必要的帮助和支持。
- 同时，公司也应关注员工的家庭状况，对于因员工患病而面临经济困难的家庭，可以考虑提供适当的援助或慰问。
综上所述，当员工患有重大疾病时，公司应依法合规处理劳动合同事宜，同时提供人性化关怀与支持，优化内部政策与流程，并与员工保持持续沟通与关注。这些措施有助于减轻员工的经济负担和心理压力，促进其早日康复并回归工作岗位。