关于港澳通行证被单位保管是否合法的问题，这主要取决于单位保管的具体情境和目的，以及是否遵循了相关的法律法规。
首先，我们需要明确的是，港澳通行证是个人重要的出入境证件，其所有权和使用权均属于个人。在一般情况下，单位是无权扣留或保管员工的港澳通行证的，除非存在特定的合法理由和程序。
合法保管的情形：
商务备案与签注管理：在某些地区，如山东省，根据《山东省公安机关往来港澳商务单位登记备案管理工作细则》等相关规定，企业机构在事先向公安机关出入境管理部门申请备案并登记相关人员名单后，可以为备案人员赴港澳地区从事商务活动签发多次往来港澳商务签注。在这种情况下，单位可能会为了管理需要，暂时保管员工的港澳通行证以办理相关签注手续。但即便如此，单位也应在完成相关手续后及时归还证件给员工，且不得滥用或泄露员工的个人信息。
特定工作需求：如果员工因工作需要频繁往返港澳地区，且单位需要统一管理员工的出入境证件以确保工作顺利进行，那么单位可能会与员工协商一致后暂时保管港澳通行证。但这种情况必须建立在双方自愿、平等和合法的基础上，且单位应明确告知员工保管的目的、期限和归还方式等。
非法保管的情形：
如果单位无正当理由扣留或保管员工的港澳通行证，且拒绝归还或用于非工作目的，那么这种行为就是违法的。员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助以维护自己的合法权益。
建议：
与单位沟通：如果员工发现自己的港澳通行证被单位保管，首先应与单位进行沟通，了解保管的原因和期限，并要求单位明确告知归还方式。
查阅相关法律法规：员工可以查阅相关的法律法规和政策文件，了解单位保管港澳通行证的合法性和合规性。
寻求法律援助：如果单位拒绝归还或存在其他违法行为，员工可以向当地公安机关出入境管理部门或劳动监察部门投诉，并寻求法律援助以维护自己的合法权益。
综上所述，港澳通行证被单位保管是否合法取决于具体情境和目的。在合法保管的情形下，单位应遵守相关法律法规和程序；在非法保管的情形下，员工有权维护自己的合法权益。