结论：员工旷工一天，用人单位不能直接按照“旷工1天扣三天工资”的规定来扣除工资，这种做法通常是不合法的。
分析：
工资扣除的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位扣除劳动者工资应当有合法依据，并且扣除的比例和方式需要符合法律规定。一般来说，用人单位不得随意扣除劳动者工资，除非是因为劳动者给用人单位造成了经济损失，且扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，同时扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
“旷工1天扣三天工资”的合法性：
- 这种规定往往被视为用人单位对劳动者的惩罚性措施，但并非所有惩罚性措施都是合法的。如果这种规定没有明确的法律依据，或者违反了劳动法的相关规定（如扣除比例过高、扣除后工资低于最低工资标准等），那么这种规定就是无效的。
- 在实际操作中，即使劳动者旷工，用人单位也只能扣除旷工当天的工资，而不能额外扣除其他天数的工资。因为旷工当天劳动者没有提供劳动，用人单位无需支付该天的工资，但无权因此扣除其他正常工作日的工资。
可能的法律后果：
- 如果用人单位违反规定扣除劳动者工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位补发被扣除的工资，并可能要求用人单位支付赔偿金。
- 此外，如果这种扣除行为对劳动者造成了经济损失或精神损害，劳动者还可以考虑通过法律途径追究用人单位的民事责任。
建议：
- 对于劳动者来说，如果遇到用人单位无故扣除工资的情况，应当及时与用人单位沟通协商，要求用人单位说明扣除工资的依据和理由。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于用人单位来说，应当制定合法合理的规章制度，明确旷工等违纪行为的处理方式和工资扣除标准。在处理劳动者违纪行为时，应当遵循法定程序和规定，确保处理结果的合法性和公正性。
额外提醒：
- 劳动合同是劳动者和用人单位之间约定权利和义务的重要法律文件。在签订劳动合同时，双方应当仔细阅读合同条款，确保合同内容合法、合理、明确。如果合同中有关于旷工和工资扣除的条款，双方应当特别注意这些条款是否符合法律规定和公平原则。
- 在实际操作中，如果劳动者对用人单位的规章制度或劳动合同条款有疑问或不满，应当及时向用人单位提出并寻求解决方案。如果无法达成一致意见，可以考虑咨询专业律师或相关劳动部门以获取更具体的法律建议和帮助。
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