用人单位在劳动合同中约定“干不满三个月扣三天工资”的条款通常是不合法的。以下是详细的法律分析与解释：

法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

法律分析

1. 工资支付原则：根据上述法律规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣。因此，劳动合同中约定以工作不满三个月为由扣除工资，违反了这一基本原则。
2. 扣款条款的合法性：除非劳动者存在严重违反规章制度等法定情形，否则用人单位不得以任何形式克扣劳动者的工资。劳动合同中的扣款条款必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
3. 特殊情况的考虑：虽然一般情况下扣工资是不合法的，但在某些特殊情况下，如劳动者因自身原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但这种情况下的扣款也需遵循严格的法律规定，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

应对措施

如果劳动者遭遇用人单位以工作不满三个月为由扣除工资的情况，可以采取以下措施维护自己的权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求其补发被扣除的工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查和处理。
3. 提起劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼。通过法律程序，劳动者可以要求用人单位承担法律责任，并追回被扣除的工资。

综上所述，劳动合同中约定“干不满三个月扣三天工资”的条款通常是不合法的。劳动者在遭遇此类情况时，应积极采取措施维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。