该约定违反法律强制性规定，属于无效条款。具体分析如下：

1. 社保基数的确定依据
   根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保缴费基数应按照职工上年度月平均工资性收入确定，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴补贴、加班加点工资等。提成作为工资性收入的一部分，必须纳入社保基数计算，这是法律的强制性要求。

2. 约定无效的法律依据
   《劳动合同法》第二十六条明确规定，用人单位免除法定责任、排除劳动者权利的条款无效。若劳动合同中约定“提成不计入社保基数”，本质是通过内部约定规避社保缴费义务，损害劳动者合法权益，该条款自始无效，不影响其他有效条款的履行。

3. 实务风险与应对建议

   • 对劳动者：若发现单位未按实际工资缴纳社保，可向当地社保部门投诉，要求补缴差额，并可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，要求经济补偿。
     
   • 对用人单位：此类约定不仅面临行政处罚（如补缴社保、滞纳金），还可能因未足额缴费影响劳动者工伤、医疗等权益，引发劳动争议。建议及时修正合同条款，依法足额缴纳社保。

提示：社保缴费基数直接影响劳动者退休待遇、工伤赔偿等核心权益，任何试图通过合同规避法定义务的行为均无效。如有具体争议，可进一步提供合同条款细节，我会为您分析风险点及维权路径。