将医院成本计入绩效发放是否违法，需分情况讨论，关键在于是否符合相关法律法规及单位规章制度。以下从不同角度进行分析：

1. 从法律法规的角度：

   • 合法性原则：绩效发放应当遵循合法、公平、透明的原则。如果医院成本被不合理地计入绩效发放，且这种做法违反了国家关于工资支付、绩效管理等相关法律法规的规定，那么这种行为就是违法的。例如，如果医院成本被计入绩效后，导致员工的实际工资低于当地最低工资标准，这就明显违反了《劳动法》中关于最低工资保障的规定。
   • 规章制度合规性：医院作为用人单位，其内部规章制度应当符合国家法律法规的规定。如果医院将成本计入绩效发放的做法违反了其内部规章制度，或者该规章制度本身未经合法程序制定、公示或告知员工，那么这种做法也可能被视为违法。

2. 从合同约定的角度：

   • 劳动合同内容：员工与医院签订的劳动合同中通常会明确约定工资构成、绩效发放等条款。如果医院将成本计入绩效发放的做法违反了劳动合同中的约定，那么员工有权要求医院按照合同约定支付工资和绩效。
   • 集体合同或协议：如果医院与员工之间存在集体合同或协议，且其中对工资和绩效发放有明确规定，那么医院也应当遵守这些规定。违反集体合同或协议的做法同样可能构成违法。

3. 从实际操作的角度：

   • 合理性评估：即使医院将成本计入绩效发放的做法在法律上没有明确禁止，也需要评估其合理性。如果这种做法导致员工收入大幅下降，或者对员工的工作积极性产生负面影响，那么这种做法可能并不明智，甚至可能引发劳动纠纷。
   • 透明度与沟通：医院在将成本计入绩效发放时，应当确保过程的透明度和与员工的充分沟通。如果医院能够向员工解释清楚成本计入绩效的原因、计算方式等，并听取员工的意见和建议，那么这种做法可能更容易被员工接受。

法律建议：

• 如果您作为员工发现医院将成本不合理地计入绩效发放，且这种做法违反了相关法律法规或合同约定，您可以先与医院进行协商，要求医院按照合法、公平、透明的原则进行绩效发放。
• 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 如果您作为医院管理者，在考虑将成本计入绩效发放时，请务必确保这种做法符合相关法律法规和单位规章制度的要求，并充分考虑员工的利益和感受，以避免引发劳动纠纷。

总之，将医院成本计入绩效发放是否违法，需要根据具体情况进行判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。