医院在负债情况下发放绩效可能违规。具体分析如下：

根据《关于深化公立医院薪酬制度改革的指导意见》(人社部发〔2021〕52号)中的“两个允许”政策，即允许医疗卫生机构突破现行事业单位工资调控水平，允许医疗服务收入扣除成本并按规定提取各项基金后主要用于人员奖励。这里的关键点是，绩效发放需基于“医疗服务收入扣除成本及基金后的结余”。也就是说，绩效发放需以医疗服务收入能够覆盖成本并有余为前提。

若医院整体亏损（即无结余），则理论上不符合“两个允许”的条件，不应发放绩效。若医院在亏损的情况下仍然发放绩效，特别是如果绩效与收入挂钩（如采用传统的收支结余提成模式），则可能被认定为违规，面临审计和巡查的风险。

因此，医院在负债或亏损的情况下，应谨慎对待绩效的发放。如果确实需要发放绩效，应确保符合相关政策法规的要求，并寻求专业的法律意见以确保合规性。同时，医院也应加强内部管理，通过降本增效等措施改善财务状况，为绩效的合规发放提供支撑。