在被告同时主张借款已偿还和已超过诉讼时效的情况下，法院的判决会综合考量借款是否实际偿还以及诉讼时效是否确实超过这两个核心问题，具体判决结果需分情况讨论：
若被告能充分证明借款已偿还：
- 在此情况下，无论诉讼时效是否超过，法院都会基于借款已实际清偿的事实，判决驳回原告的诉讼请求。因为借款合同的核心义务是还款，一旦还款义务履行完毕，合同即告终止，原告再行主张权利便失去了法律依据。
若被告不能证明借款已偿还，但主张诉讼时效已超过：
- 法院会首先审查诉讼时效是否确实超过。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。若从还款期限届满之日起算，已超过三年，且不存在诉讼时效中断或中止的情形，则诉讼时效确实超过。
- 若诉讼时效已超过：法院将判决驳回原告的诉讼请求。因为诉讼时效是法律对权利人行使权利的时间限制，超过诉讼时效，权利人便丧失了胜诉权。
- 若诉讼时效未超过：例如，存在诉讼时效中断或中止的情形，导致诉讼时效重新计算或暂停计算，且从重新计算或暂停计算之日起算未超过三年，则法院将支持原告的诉讼请求，判决被告偿还借款。
特殊情况下的考量：
- 如果被告在诉讼时效期间内曾明确表示同意偿还借款，或者原告曾向被告提出过还款请求，这些都可能构成诉讼时效的中断，导致诉讼时效重新计算。在此情况下，即使被告后来主张诉讼时效已超过，法院也可能不予支持。
- 另外，如果被告主张借款已偿还，但提供的证据不足以证明其主张，而原告又能提供充分证据证明借款未偿还且诉讼时效未超过，法院将支持原告的诉讼请求。
法律建议：
- 对于原告而言，在提起诉讼前，应仔细审查借款合同、还款记录等证据，确保借款未偿还且诉讼时效未超过。同时，在诉讼过程中，应积极举证，证明自己的主张。
- 对于被告而言，如果主张借款已偿还，应提供充分证据予以证明。如果主张诉讼时效已超过，也应提供相应证据，如还款期限届满的日期、诉讼时效中断或中止的情形等。
可能产生的法律后果：
- 如果法院判决驳回原告的诉讼请求，原告将失去通过法律途径追讨借款的机会（除非能证明判决存在错误并提起再审）。
- 如果法院判决被告偿还借款，被告应履行判决义务，否则可能面临强制执行等法律后果。
举例说明：
假设甲向乙借款10万元，约定还款期限为2020年1月1日。至2023年1月2日，甲未偿还借款，乙遂向法院提起诉讼。在诉讼过程中，甲主张借款已偿还，但未能提供充分证据；同时主张诉讼时效已超过。法院审查后发现，虽然从还款期限届满之日起算已超过三年，但在2022年1月1日，乙曾向甲提出过还款请求，构成诉讼时效的中断。因此，诉讼时效从2022年1月1日起重新计算，至乙提起诉讼时未超过三年。最终，法院判决甲偿还乙借款10万元。
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