在民间借贷案件中，若被告承认借款但主张已过诉讼时效，法院的判决将取决于被告是否提出有效的诉讼时效抗辩以及是否存在诉讼时效中断、中止等法定事由。以下是对此问题的详细分析：

1. 被告提出诉讼时效抗辩且抗辩成立

   • 法律后果：若被告主张诉讼时效抗辩，并且法院审查后确认该抗辩成立，即借款确实已超过三年诉讼时效期间，且不存在诉讼时效中断、中止等法定事由，法院将判决驳回原告的诉讼请求。这意味着原告将丧失通过法律途径追讨借款的权利，尽管其起诉权本身不受影响。
   • 举例说明：假设甲向乙借款，并约定了还款期限。还款期限届满后三年，乙才起诉要求甲还款。若甲提出诉讼时效抗辩，且法院确认借款已超过诉讼时效，则法院将驳回乙的诉讼请求。

2. 被告未提出诉讼时效抗辩

   • 处理方式：若被告未提出诉讼时效抗辩，法院通常不会主动审查和适用诉讼时效。法院将依据双方提供的证据，审查借贷关系及还款情况，并依法作出判决。这意味着，即使借款已超过诉讼时效，只要被告未提出抗辩，法院仍可能判决被告承担还款责任。
   • 举例说明：沿用上述甲、乙借款的例子，若甲未提出诉讼时效抗辩，且乙能提供充分证据证明借贷事实（如借条、转账记录等），法院将判决甲承担还款责任。

3. 诉讼时效中断、中止与重新计算的情形

   • 中断情形：根据《民法典》第一百九十五条，若权利人（原告）在诉讼时效期间内向义务人（被告）提出履行请求，或义务人同意履行义务，或权利人提起诉讼或申请仲裁等，均构成诉讼时效中断。从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。
   • 中止情形：根据《民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
   • 举例说明：若甲在诉讼时效期间内向乙出具还款承诺书，或乙向甲提出履行请求并甲确认收到，均构成诉讼时效中断。乙在此后合理时间内起诉，法院将认定诉讼未超时效。

4. 特殊情况下诉讼时效的适用

   • 明确约定还款期限：若借条或借款合同中明确约定了还款期限，债权人应在期限届满后三年内主张权利，否则适用三年诉讼时效规定。
   • 未约定或约定不明确：若借款双方未约定还款期限或约定不明确，债权人可以随时要求债务人履行债务。此时，适用二十年的最长诉讼时效期间。但需注意，一旦债权人要求债务人履行债务并给予合理期限，诉讼时效将从该期限届满之日起计算三年。

总结与建议： 在处理民间借贷纠纷时，诉讼时效是关乎权利人能否成功追讨借款的关键问题。因此，建议债权人在借款发生后及时主张权利，并保留好相关证据（如借条、转账记录、沟通记录等），以避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权的风险。同时，债务人也应积极履行还款义务，以减少不必要的法律纠纷。若您在民间借贷方面遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。