当借款纠纷的诉讼时效已经届满时，法院在处理此类案件时会遵循特定的法律程序和原则。以下是对这一问题的详细解答：
一、立案受理阶段
首先，需要明确的是，当借款纠纷案件提交至法院时，法院不会主动审查诉讼时效问题。只要案件符合立案条件，即具有明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由，并且属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖，法院就会受理该案件。
二、审理阶段
在审理阶段，法院的处理方式将取决于被告是否提出诉讼时效抗辩以及抗辩是否成立：
被告未提出诉讼时效抗辩：
- 在这种情况下，法院将正常审理案件，全面审查原告提供的证据，以查明借款事实及其主张的权利是否合法合理。
- 如果原告能够充分证明其权利，例如提供借款合同、转账记录、借条等证据，法院可能会支持原告的诉讼请求，判决被告偿还借款本息等。
被告提出诉讼时效抗辩：
- 此时，法院将重点审查诉讼时效是否已经届满，以及是否存在诉讼时效中止、中断或延长的法定事由。
- 诉讼时效届满且无中止、中断、延长事由：如果经审查确认借款确实已经过了诉讼时效，且不存在任何导致诉讼时效中止、中断或延长的法定事由，法院将判决驳回原告的诉讼请求。因为诉讼时效届满后，债务人获得了时效抗辩权，有权拒绝履行义务。
- 存在诉讼时效中止、中断或延长事由：如果法院发现存在如不可抗力导致无法行使请求权等诉讼时效中止的事由，或者在诉讼时效期间内权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等导致诉讼时效中断的情形，或者存在其他导致诉讼时效延长的法定事由，那么诉讼时效可能并未届满。此时，法院将继续审理案件，并根据具体情况作出相应的判决。
三、判决后的救济
如果原告对法院驳回诉讼请求的判决不服，认为存在未被法院认定的诉讼时效中止、中断等事由，或者有其他合理理由，可以在法定上诉期内向上一级人民法院提起上诉。上级法院将对案件进行重新审理和裁判，以确保案件的公正性和合法性。
四、特殊情况下的处理
- 自愿履行：诉讼时效届满后，债务人仍可自愿履行还款义务。此时不受诉讼时效限制，履行后不得以不知时效为由请求返还。
- 重新确认债务：若债务人以书面形式向债权人表示同意履行原债务，则视为对原债务的重新确认，该债权债务关系受法律保护。
五、法律意义与建议
- 诉讼时效的法律意义：诉讼时效是法律赋予债务人的抗辩权，旨在督促债权人及时行使权利，维护交易秩序的稳定。一旦诉讼时效届满，债务人即可获得时效抗辩权，有权拒绝履行义务。
- 对债权人的建议：对于债权人而言，及时行使权利至关重要。在诉讼时效期间内提起诉讼，可以确保自己的债权得到法律的保护。因此，债权人应密切关注借款合同的还款期限，并在必要时采取法律措施维护自己的合法权益。
- 对债务人的建议：债务人也应了解诉讼时效的相关规定，以便在必要时提出抗辩，维护自己的合法权益。同时，如果条件允许，债务人也可以主动与债权人协商解决借款纠纷，以避免不必要的法律纠纷和损失。
综上所述，借款诉讼时效已过时，法院会依法受理并审理案件，但判决结果取决于被告是否提出诉讼时效抗辩以及抗辩是否成立。因此，债权人和债务人都应了解诉讼时效的相关规定，并在必要时采取相应的法律措施。