在处理民间借贷纠纷时，若案件超过了诉讼时效，法院的判决会依据一系列法律规定和具体情境来综合考量。以下是对这一问题的详细解答：

一、诉讼时效的基本概念

诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即可能在某种程度上丧失请求利益的时效制度。在民间借贷中，通常适用的是《民法典》规定的三年诉讼时效期间，这一期间自权利人知道或者应当知道自己的权利受到损害以及义务人之日起计算。

二、超过诉讼时效后的法院处理原则

1. 被告提出诉讼时效抗辩：

   • 若被告在诉讼中明确提出诉讼时效抗辩，并且法院经过审查确认该抗辩成立，那么法院将判决驳回原告的诉讼请求。这意味着，尽管原告有权起诉，但由于超过了诉讼时效，原告将丧失通过法律途径强制被告还款的胜诉权。
   • 举例来说，如果甲向乙借款，约定还款期限已过三年，乙才起诉要求甲还款，而甲在诉讼中提出了诉讼时效抗辩，且法院确认抗辩成立，那么乙的诉讼请求将被驳回。

2. 被告未提出诉讼时效抗辩：

   • 如果被告在诉讼中未提出诉讼时效抗辩，法院通常不会主动审查和适用诉讼时效。此时，法院会根据双方提供的证据，审查借贷关系及还款情况，并依法作出判决。
   • 继续上述例子，如果甲未提出诉讼时效抗辩，且乙能提供充分证据证明借贷事实，那么法院将判决甲承担还款责任。

三、诉讼时效中断、中止与重新计算的情形

• 中断情形：根据《民法典》的相关规定，如果权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等情形发生，诉讼时效将中断，并从中断或有关程序终结时起重新计算。
• 中止情形：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等障碍导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。

四、特殊情况下的处理

• 明确约定还款期限：如果借条或借款合同中明确约定了还款期限，债权人应在期限届满后三年内主张权利，否则将适用三年诉讼时效规定。
• 未约定或约定不明确：如果借款双方未约定还款期限或约定不明确，债权人可以随时要求债务人履行债务。此时，适用的是二十年的最长诉讼时效期间。
• 自愿履行：即使诉讼时效期间届满，债务人仍然可以选择自愿履行债务。在这种情况下，债务人不得以不知诉讼时效届满为由请求返还已履行的款项。

五、总结与建议

在处理民间借贷纠纷时，诉讼时效是关乎权利人能否成功追讨借款的关键问题。因此，建议债权人在借款发生后及时主张权利，并保留好相关证据，以避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权的风险。同时，债务人也应积极履行还款义务，以减少不必要的法律纠纷。在涉及诉讼时效问题时，咨询专业律师以获取准确法律意见尤为重要。