针对您提出的“缺席判决已经超过诉讼时效的民间借贷案怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，诉讼时效是法律规定的债权人请求法院保护其民事权利的期限。一旦超过这个期限，债权人虽然仍可以向法院提起诉讼，但如果债务人提出诉讼时效抗辩，法院可能会驳回债权人的诉讼请求。不过，即便已经超过了诉讼时效，债权人仍有一些补救措施可以尝试。
一、争取债务人自愿还款或达成新的还款协议
自愿还款：
- 如果债务人自愿履行债务，即使超过了诉讼时效，债权人也可以接受。债务人不能以诉讼时效已过为由要求返还已履行的债务。
达成新协议：
- 债权人与债务人可以就原债务重新达成还款协议。这一行为视为对原债务的重新确认，新协议具有法律效力，且诉讼时效从新协议约定的履行期限届满之日起重新计算。在签订新协议时，务必明确约定还款金额、方式和时间等关键条款。
二、通过书面形式或电子方式主张权利并保留证据
书面催款通知：
- 债权人可以向债务人发出催收到期贷款的通知单，并要求债务人在通知单上签字或盖章。这视为对原债务的重新确认，债权债务关系继续受法律保护。在发送通知时，需确保内容清晰明确，并妥善保留送达凭证。
电子记录：
- 通过短信、微信等电子方式与债务人沟通，主张债权，并保留好相关的电子记录。如果债务人作出回应，承认债务的存在，这些记录也可以作为重新确认债务的证据。
三、寻找中断或中止诉讼时效的证据
- 检查是否存在导致诉讼时效中断或中止的情况，如借款人在诉讼时效期间内部分还款、承认债务等，或者存在其他法定事由使诉讼时效中断或中止。如果能够找到相关证据，诉讼时效可能会重新计算。
四、寻求调解或专业法律帮助
调解：
- 可以请求人民调解委员会等第三方机构进行调解。如果调解成功，债务人认可债务并愿意履行，调解协议具有合同效力。一旦债务人不履行调解协议，债权人可以向法院申请司法确认，经司法确认后的调解协议具有强制执行力。
专业法律帮助：
- 在处理此类问题时，建议咨询专业的律师或法律顾问。他们可以根据具体情况提供专业的法律意见和指导，帮助制定合适的解决方案，并最大程度地保护债权人的合法权益。
五、考虑起诉并主张权利（尽管存在风险）
- 如果以上方法均不可行，但借款事实清晰、证据确凿，债权人仍可以选择向法院提起诉讼。在诉讼过程中，应向法院充分说明情况，并提供相关证据支持自己的主张。虽然超过了诉讼时效，但如果借款人未提出诉讼时效抗辩，法院在审查后仍有可能判决支持债权人的诉讼请求。不过，这一做法存在风险，因为一旦借款人提出诉讼时效抗辩，法院可能会驳回债权人的诉讼请求。
总结与建议
- 在民间借贷纠纷中，诉讼时效是一个重要的法律问题。为避免超过诉讼时效带来的不利后果，债权人在出借资金时应尽量签订书面借款合同、明确约定还款期限和方式，并及时催讨债务。
- 一旦超过诉讼时效，也应积极采取上述补救措施来维护自己的合法权益。同时，建议债权人在处理此类问题时保持冷静和理性，寻求专业法律帮助以制定合适的解决方案。