对于超过诉讼时效的案件，处理方式主要遵循以下步骤和原则：
一、案件受理
首先，对于超过诉讼时效的案件，人民法院仍然应当予以受理。这是因为诉讼时效的抗辩需要由当事人主动提出，法院不会主动适用诉讼时效的规定来驳回原告的起诉。
二、审查与判决
无抗辩情况：
- 如果被告未提出诉讼时效抗辩，法院将正常审理案件，并根据查明的事实依法作出裁判。
有抗辩且查证属实：
- 如果被告提出了诉讼时效抗辩，并且法院经审查确认原告没有诉讼时效中止、中断或延长的事由，那么法院将判决驳回原告的诉讼请求。
三、诉讼时效的法律效果
义务人抗辩权：
- 诉讼时效期间届满后，义务人（即被告）可以提出不履行义务的抗辩。这意味着，如果原告起诉要求义务人履行已经超过诉讼时效的义务，义务人可以以诉讼时效已经届满为由进行抗辩。
自愿履行：
- 如果义务人在诉讼时效期间届满后仍然自愿履行了义务，那么他不得以诉讼时效期间届满为由要求返还已经履行的部分。同样地，如果义务人同意履行义务，他也不能以诉讼时效期间届满为由来抗辩原告的请求。
四、补救措施
对于已经超过诉讼时效的债务，虽然债权人丧失了胜诉权，但债权本身并未丧失。债权人仍然可以继续要求债务人履行债务，如果债务人愿意履行，那么债权人的债权仍然受到法律的保护。此外，如果借款合同中规定了保证人，并且保证人的保证期间也随着债权的诉讼时效而超过，那么如果保证人自愿还款，债权人的债权同样受到法律的保护。
五、法律依据
根据《民法典》的相关规定：
- 第一百八十八条：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年（有特殊规定的除外），自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。超过二十年的人民法院不予保护（有特殊情况的可以延长）。
- 第一百九十二条：诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。
- 第一百九十三条：人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。
综上所述，对于超过诉讼时效的案件，法院会依法进行受理和审查，并根据具体情况作出相应的判决。同时，债权人也应了解相关的法律规定和补救措施，以维护自己的合法权益。