结论：在租赁协议未生效但实际租用了厂房的情况下，法院是否会认定支付相应租金，需分情况讨论，主要取决于协议未生效的原因、实际使用情况以及双方过错等因素。以下为具体分析：

1. 协议因未满足法定生效条件而未生效
   若租赁协议因未办理登记备案（如房屋租赁需登记备案的情形）、未取得必要许可（如厂房未取得建设工程规划许可证）等法定原因未生效，但承租人已实际占有使用厂房，法院通常会根据《民法典》第157条“民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失”的规定，结合双方过错程度，判决承租人支付实际使用期间的“占有使用费”。该费用标准一般参照合同约定的租金，但若合同因违法（如厂房属违建）导致无效，法院可能酌情调整至合理市场价。

2. 协议因附条件或附期限未生效，但承租人已实际使用
   若协议约定“自某条件成就时生效”（如承租人支付保证金后生效），但条件未成就时承租人已实际使用厂房，此时需区分双方行为性质：

   • 若出租人明知条件未成就仍交付厂房，且承租人无恶意，法院可能认定双方以实际行为变更了合同生效条件，从而支持出租人主张租金；
     
   • 若承租人擅自使用厂房，出租人未明确反对，法院可能结合公平原则，判决承租人支付合理占有使用费，但金额可能低于合同约定租金。

3. 协议因一方违约导致未生效，但另一方已实际履行
   例如，出租人未按约定时间交付厂房导致协议未生效，但承租人自行占用厂房，或承租人未支付首期租金导致协议未生效，但出租人已交付厂房。此时法院会重点审查违约方的过错程度：

   • 若违约方存在重大过错（如故意不交付厂房），法院可能驳回其租金主张；
     
   • 若双方均有过错（如承租人未支付租金但出租人未催告即交付厂房），法院可能按过错比例分担占有使用费。

实务建议：

• 对出租人而言，若协议未生效但需交付厂房，应要求承租人出具《占有使用承诺书》，明确费用标准及支付方式，降低风险；
  
• 对承租人而言，若协议未生效即使用厂房，需保留出租人同意使用的证据（如微信记录、邮件等），避免被认定为“擅自占用”；
  
• 无论何种情况，双方均应尽快补办协议生效手续（如登记备案、支付保证金等），或签订补充协议明确权利义务，避免争议扩大。

如有具体案件细节（如协议未生效的具体原因、实际使用时间、费用支付情况等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供更精准的分析。