结论：公司项目到期，员工签订两次为期三年的劳动合同也到期，如果公司不续签，是需要支付经济补偿的。
法律背景与解释：
劳动合同到期不续签的经济补偿：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，当劳动合同期满，且用人单位（即公司）决定不续签劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
- 经济补偿的标准通常按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
连续签订两次固定期限劳动合同后的特殊情况：
- 在您描述的情况下，员工已经连续签订了两次为期三年的劳动合同，且均已到期。根据《劳动合同法》的规定，连续订立二次固定期限劳动合同，且劳动者没有本法第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形，续订劳动合同的，劳动者提出或者同意续订、订立劳动合同的，除劳动者提出订立固定期限劳动合同外，应当订立无固定期限劳动合同。但此条款主要规定的是续订劳动合同的情形，并未直接规定不续订时的经济补偿标准，不过不影响基于一般规定（劳动合同期满不续签需支付经济补偿）的适用。
- 重要的是，无论是否涉及无固定期限劳动合同的订立，只要劳动合同期满且公司不续签，公司都需支付经济补偿。
经济补偿的计算方式：
- 假设员工在公司工作了6年（两次三年合同），且月工资为X元，则公司应支付的经济补偿为6个月工资，即6X元。
- 如果员工在公司工作年限不是整数年，如6年零5个月，则经济补偿为6.5个月工资，即6.5X元。
法律建议：
- 与公司沟通：首先，建议员工与公司进行友好沟通，明确公司不续签劳动合同的决定，并了解公司对于经济补偿的具体态度和方案。
- 收集证据：员工应收集好与公司的劳动合同、工资单、工作证明等相关证据，以备不时之需。
- 协商或仲裁：如果公司拒绝支付经济补偿或双方对经济补偿的金额存在争议，员工可以与公司进行协商，协商不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司不依法支付经济补偿，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付应得的经济补偿及可能的滞纳金或赔偿金。
- 在极端情况下，如果公司拒不执行仲裁裁决或法院判决，还可能面临更严重的法律后果，如被强制执行、列入失信被执行人名单等。
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