结论前置：公司若直接以末位淘汰为由辞退员工，可能构成违法解雇，员工在此情况下有权申请劳动仲裁以维护自身合法权益。

详细分析：

1. 末位淘汰制的法律性质与劳动合同解除的合法性：

   • 末位淘汰制本身并不直接等同于法律规定的解除劳动合同的合法理由。根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除必须基于法定情形，如员工严重违反用人单位规章制度、不能胜任工作且经培训或调岗后仍不能胜任等。
   • 仅因员工在考核中处于末位，并不能直接证明其不能胜任工作。不能胜任工作需要有明确的界定标准，并且用人单位需要提供充分的证据来证明这一点。

2. 公司以末位淘汰为由辞退员工的合法性分析：

   • 如果公司直接以末位淘汰为由辞退员工，且未遵循法律规定的条件和程序（如未进行培训或调岗等），则很可能构成违法解雇。
   • 违法解雇的情况下，员工有权要求公司支付经济赔偿金，通常为经济补偿标准的二倍。经济补偿标准根据员工在公司的工作年限和月工资水平来确定。

3. 员工申请劳动仲裁的流程与注意事项：

   • 当员工认为自己的权益受到侵害时，可以向当地的劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁。
   • 在申请劳动仲裁时，员工需要提供证明自己与公司存在劳动关系的证据，如劳动合同、工资流水、工作证等。
   • 同时，员工还需要准备相关证据来证明公司的解雇行为是违法的，如公司的解雇通知、考核制度、培训或调岗记录等。

4. 公司的合规建议与风险防范：

   • 公司在实行末位淘汰制或其他任何管理制度时，必须确保其行为符合法律法规的要求，尊重员工的合法权益。
   • 建议公司在制定相关制度时，咨询专业法律顾问的意见，以确保制度的合法性和合规性。
   • 同时，公司应建立健全的考核和培训机制，确保在解雇员工前已经履行了相应的法定程序。

总结与建议： 公司若直接以末位淘汰为由辞退员工，可能面临违法解雇的风险。员工在此情况下有权申请劳动仲裁以维护自身权益。因此，我建议公司在处理员工劳动关系时务必谨慎行事，确保行为符合法律法规的要求。如果员工遇到类似情况，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和帮助。