结论：公司修改员工手册并在群里通知，未加盖公章，这一行为是否合法，需从多个角度进行分析，不能一概而论。
分析角度一：员工手册的法律性质与生效要件
员工手册通常被视为公司内部的规章制度，其制定和修改需遵循一定的法律程序和内部流程。从法律性质上看，员工手册并非必须加盖公章才能生效，但其内容必须合法、合理，且经过民主程序制定或修改，并向员工公示或告知。加盖公章更多是作为公司正式文件的一种形式，用于证明文件的真实性和权威性，但并非生效的唯一要件。
分析角度二：通知方式的有效性
公司在群里通知员工手册的修改，这一通知方式的有效性取决于多个因素：
群聊的性质：如果该群聊是公司正式的工作群，且所有员工都在该群内，那么通过群聊通知可以视为一种有效的公示或告知方式。但如果群聊并非正式工作群，或者部分员工不在群内，则通知可能未覆盖到所有员工，存在程序瑕疵。
员工的确认与反馈：即使通过群聊通知，公司也应确保员工已经收到并理解了修改后的员工手册内容。这可以通过要求员工回复确认、签署确认书或进行培训等方式实现。如果公司未采取这些措施，可能导致员工对修改内容不知情或存在误解。
分析角度三：未加盖公章的法律后果
未加盖公章本身并不直接导致员工手册修改无效，但如果因此引发争议，公司可能需要承担举证责任，证明修改后的员工手册已经经过合法程序制定或修改，并向员工公示或告知。如果公司无法提供充分证据，可能面临不利后果，如员工主张修改内容无效、要求公司按照原员工手册执行等。
建议：
完善通知程序：公司应确保员工手册的修改经过民主程序，并通过正式、有效的渠道向所有员工公示或告知。除了群聊通知外，还可以考虑通过电子邮件、内部公告栏、员工大会等方式进行通知。
要求员工确认：公司可以要求员工在收到修改后的员工手册后签署确认书或进行回复确认，以确保员工已经收到并理解了修改内容。
加盖公章以增强权威性：虽然加盖公章并非生效要件，但为了增强文件的权威性和可信度，公司可以在修改后的员工手册上加盖公章。
咨询专业律师：如果公司对员工手册的修改程序存在疑问或担忧，可以咨询专业律师，以确保修改程序的合法性和有效性。
后续行动：如果您作为员工或公司代表，对员工手册的修改程序存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。