结论前置：员工离职未做体检报告，公司扣其工资一般是不合法的，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从法律规定角度
根据《中华人民共和国劳动法》以及相关劳动法规，用人单位不得无故克扣劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。若公司以员工离职未做体检报告为由扣工资，这并不符合法律规定的扣减工资的情形。除非双方在劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则公司无权单方面扣减工资。
二、从体检报告与工资扣减的关联性角度
体检报告非工资扣减的法定理由：体检报告通常是用于了解员工的健康状况，以便公司合理安排工作或进行职业健康管理。它并不是工资扣减的法定理由。除非体检报告显示员工存在某种疾病或健康问题，且该问题直接影响到其工作表现或公司利益，且双方在劳动合同或公司规章制度中有明确约定，否则公司不能因此扣减工资。
公司规章制度需合法合规：如果公司规章制度中规定了员工离职需提交体检报告，否则扣减工资，那么这一规定本身需要合法合规。即，该规定不能违反法律法规的强制性规定，且需要经过民主程序制定并公示给员工。否则，这一规定可能被视为无效，公司不能依据此规定扣减工资。
三、从实际操作角度
沟通协商：如果员工离职时未做体检报告，公司可以首先与员工进行沟通协商，了解原因并寻求解决方案。例如，可以要求员工在离职后的一定期限内提交体检报告，或者由公司安排员工进行体检并承担相关费用。
避免违法扣减：公司应避免直接扣减员工工资，以免引发劳动争议和法律风险。如果员工拒绝提交体检报告或无法提交，公司可以考虑通过其他合法途径解决，如依据公司规章制度进行纪律处分（但需确保规章制度合法合规），或者寻求法律途径解决。
四、特殊情况说明
如果员工从事的是接触职业病危害作业的岗位，根据《中华人民共和国职业病防治法》的规定，员工在离职时确实需要进行离职前职业健康检查。但即便如此，公司也不能直接扣减工资作为未进行体检的惩罚。公司可以要求员工在离职前完成体检，或者由公司安排体检并承担费用。如果员工拒绝或无法完成体检，公司可以依据相关法律法规和公司规章制度进行处理，但同样不能扣减工资。
建议：公司应确保规章制度合法合规，并明确规定员工离职时体检报告的相关要求和处理方式。在处理此类问题时，公司应与员工进行充分沟通协商，避免直接扣减工资引发劳动争议。如果遇到复杂情况或无法解决的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。