在永久基本农田上建厂房属于违法行为，必须立即停止并恢复土地原状，同时可能面临行政处罚甚至刑事责任。 以下从法律定性、处理程序、责任承担三个维度展开分析：
一、法律定性：违反土地管理核心制度
根据《土地管理法》第三十五条及《基本农田保护条例》第十五条，永久基本农田属于严格保护的耕地类型，禁止任何单位和个人擅自改变用途或占用建房、建窑、建坟等非农建设。厂房属于工业设施，其建设行为直接违反：
- 用途管制原则：土地用途需经法定程序变更，未办理农用地转用审批手续即建设属非法占地；
- 规划刚性约束：永久基本农田在国土空间规划中具有最高保护等级，任何调整均需国务院批准；
- 生态保护红线：若涉及生态敏感区，还可能触犯《环境保护法》相关条款。
二、处理程序：多部门联动执法
发现违法建设后，处理流程通常包括：
- 自然资源部门立案调查：通过卫星遥感监测、现场核查等方式确认违法事实，制作《违法用地勘测定界图》；
- 下达整改通知：依据《土地管理法》第七十七条，责令限期拆除地上建筑物、恢复土地原状；
- 强制执行程序：逾期未整改的，由县级以上人民政府作出《责令交出土地决定书》，申请人民法院强制执行；
- 刑事追责启动：若占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上，可能构成《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪，需移送公安机关侦查。
三、责任承担：多维法律后果
违法主体需承担：
- 行政责任：
- 罚款标准：按非法占用土地面积处每平方米100元以上1000元以下罚款（《土地管理法实施条例》第五十七条）；
- 信用惩戒：将违法信息纳入社会信用体系，影响企业招投标、政府补贴等资格；
- 民事责任：
- 若造成耕地种植条件严重毁坏，需承担土壤改良、生态修复等费用；
- 侵害集体土地所有权的，需赔偿村集体经济损失；
- 刑事责任：
- 非法占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上，造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；
- 单位犯罪的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依前款处罚。
实务建议
- 立即自查：核对土地权属证书、规划许可证等文件，确认是否取得农用地转用审批；
- 主动整改：在行政机关介入前自行拆除违法建筑，可争取从轻或减轻处罚；
- 法律救济：对处罚决定不服的，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼；
- 合规建设：如需使用土地，应依法办理征收、转用手续，通过”招拍挂”方式取得国有建设用地使用权。
如需进一步分析具体案件中的证据固定、处罚幅度协商或刑事风险防控，可直接提供案件细节，我将结合《自然资源违法行为立案查处工作规程》等最新规范给出针对性方案。