结论：员工在A公司上班，B公司交社保、代发工资是否合法，需分情况讨论，关键在于A公司与B公司之间的关系及具体操作是否符合法律规定。具体分析如下：

1. 若A公司与B公司存在关联关系（如母子公司、总分机构等），且已依法办理相关手续
   若A公司与B公司属于同一集团或存在控股关系，且B公司作为社保缴纳主体已与员工签订劳动合同（或A公司委托B公司代缴社保、代发工资，并依法办理了委托手续），则该操作可能合法。但需满足以下条件：

   • 社保缴纳合规性：B公司需在自身注册地为员工缴纳社保，且缴费基数、比例等符合当地规定；
     
   • 工资代发合规性：B公司代发工资需基于A公司的委托，且工资数额、发放时间等需与劳动合同约定一致；
     
   • 劳动关系明确性：员工与A公司的劳动关系需清晰，避免因社保、工资由B公司处理导致劳动关系认定争议。
     风险提示：若未依法办理委托手续，或社保、工资发放与实际劳动关系不符，可能被认定为“未依法缴纳社保”或“拖欠工资”，员工可要求补缴或索赔。

2. 若A公司与B公司无关联关系，仅是“代缴社保、代发工资”的合作关系
   若A公司与B公司无隶属或控股关系，仅通过B公司代缴社保、代发工资，则可能涉嫌违法，具体表现为：

   • 社保代缴违法性：根据《社会保险法》，用人单位需在注册地为员工缴纳社保，若B公司非员工实际用人单位，代缴行为可能被认定为“虚构劳动关系骗取社保待遇”，面临行政处罚（如罚款、责令整改）；
     
   • 工资代发风险：若B公司未与员工签订劳动合同，代发工资可能被认定为“帮助A公司逃避劳动监管”，甚至涉及“洗钱”等刑事风险（若资金来源不明）。
     典型案例：实践中，部分企业通过第三方公司代缴社保以降低用工成本，但被社保部门查处后，需补缴社保并支付滞纳金，甚至被列入“黑名单”。

3. 对员工的建议

   • 核实劳动关系：查看劳动合同签订主体、工资发放记录、社保缴费记录，确认用人单位是否一致；
     
   • 保留证据：保存工资条、银行流水、社保缴费凭证等，以备维权时使用；
     
   • 及时维权：若发现社保未缴纳、工资未足额发放，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 对企业的建议

   • 合规操作：若需通过关联公司处理社保、工资，应依法签订委托协议，明确权利义务；
     
   • 避免“代缴”：非关联公司间不得代缴社保，否则可能面临行政处罚甚至刑事责任；
     
   • 咨询专业律师：涉及跨地区用工、集团内部调配等复杂情形时，建议提前规划合规方案。

总结：该操作是否合法，需结合A、B公司关系及具体操作判断。若您是员工，建议核实劳动关系并保留证据；若您是企业，建议避免非关联代缴，合规处理用工问题。如有进一步疑问，可直接向我咨询。