工伤协议上写明六十个工日付清上述款项，这样的约定在法律上是具有效力的，但前提是该协议本身合法有效且内容不违反法律法规的强制性规定。以下从多个角度为你详细分析：

1. 协议效力角度：

   • 工伤赔偿协议，本质上是双方就工伤赔偿事宜达成的一种民事合同。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。因此，只要该协议是双方真实意思的表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议就是有效的。
   • 在协议中明确约定“六十个工日付清上述款项”，这是双方对赔偿款项支付时间的具体约定，只要该约定不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。

2. 履行与违约角度：

   • 一旦协议生效，双方都应当按照协议的约定履行各自的义务。如果用人单位未能在约定的六十个工日内付清赔偿款项，那么就构成了违约行为。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约方应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，如果用人单位违约，劳动者有权要求其继续履行支付义务，或者要求其承担违约责任。

3. 注意事项与建议：

   • 协议内容合法性：在签订工伤赔偿协议时，务必确保协议内容合法有效，不违反法律法规的强制性规定。例如，赔偿金额不得低于法定标准，支付方式不得违反相关规定等。
   • 明确约定细节：除了支付时间外，协议中还应当明确约定赔偿金额、支付方式、违约责任等关键条款，以避免后续产生纠纷。
   • 保留证据：在签订和履行协议过程中，务必保留好相关证据，如协议文本、支付凭证、沟通记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将成为重要的法律依据。
   • 及时咨询专业律师：如果在签订或履行协议过程中遇到任何疑问或问题，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。

总结来说，工伤协议上写明六十个工日付清上述款项，这样的约定在法律上是具有效力的。但为了确保协议的有效性和自身权益的保障，建议在签订和履行协议过程中务必谨慎对待，并咨询专业律师的意见。如果你有任何关于工伤赔偿协议的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。