当遇到员工没有书面申请离职就不来上班的情况时，作为用人单位，我们需要依法依规、有条不紊地处理这一问题。以下是我为您提供的详细处理步骤及建议：
一、初步核实与沟通
确认失联原因：
- 首先，通过电话、短信、电子邮件等多种渠道尝试联系员工本人，了解其未上班的具体原因。同时，也可以联系员工的紧急联系人，以获取更多信息。
- 在沟通过程中，保持冷静和礼貌，尽量获取员工的合理解释。
协商解决：
- 如果员工有突发疾病、家庭紧急事务等合理原因无法及时办理离职手续和来上班，可以与员工协商后续处理方式，如请假、调休或远程工作等安排。
- 要求员工提供相关证明材料，以便公司进行核实和记录。
二、正式通知与旷工认定
发出书面通知：
- 若员工无合理解释且不配合办理离职手续，公司应通过邮政特快专递（EMS）等可靠方式向员工发出书面通知，要求其在规定期限内回公司报到或办理离职手续。
- 通知中应明确告知逾期不办的后果，如停发工资、暂停社保等，并保留好通知送达的凭证。
旷工认定：
- 根据公司规章制度，将员工未办理离职手续且连续缺勤的行为认定为旷工，并详细记录考勤数据作为证据。
- 确保旷工认定的过程符合公司规章制度和法律法规的要求。
通知工会（如有）：
- 在决定解除劳动合同前，若公司有工会，应事先将理由通知工会，并听取工会的意见，以确保处理过程的合法性和合规性。
三、解除劳动合同与后续手续
解除劳动合同：
- 若员工旷工天数达到公司规章制度规定的解除劳动合同条件，公司可依法作出解除劳动合同的决定，并以书面形式送达员工。
- 解除劳动合同的决定应明确、具体，并符合法律法规的要求。
出具证明与转移手续：
- 解除劳动合同后，公司应为员工出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为员工办理档案和社会保险关系的转移手续。
- 确保所有手续的办理都符合法律法规和公司规章制度的规定。
办理离职手续：
- 要求员工在规定时间内办理离职手续，包括归还公司财产、结清工资、办理工作交接等。
- 若员工拒绝办理离职手续，公司可以通过法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。
四、防范法律风险与应对争议
保留证据：
- 在整个处理过程中，公司应妥善保留相关证据，如考勤记录、通知送达凭证、员工的回复记录、书面通知等。
- 这些证据将有助于公司在可能的劳动争议中维护自己的权益。
合法合规操作：
- 确保所有处理行为均符合法律法规和公司规章制度的规定，避免因处理不当而引发劳动争议。
- 如有疑问或不确定之处，建议咨询专业的劳动法律师或人力资源专家。
应对争议：
- 如果员工对解除劳动合同提出异议并提起劳动争议仲裁或诉讼，公司应积极配合相关部门的调查，尊重法律程序的结果。
- 提供充分的证据支持自己的立场，并寻求法律途径来维护公司的合法权益。
总结与建议
处理员工未申请离职即缺勤的情况需要公司严格遵循法律法规和公司规章制度，确保在维护自身权益的同时，也充分保障员工的合法权益不受侵害。通过及时沟通、正式通知、合法解除劳动合同以及妥善办理后续手续等措施，可以有效降低法律风险并维护良好的劳动关系。同时，公司也应加强内部管理，完善离职手续的相关规定和流程，以减少类似情况的发生。