结论前置：店员不按协议规定扣工资是否违法，需根据具体情况判断。若协议规定本身违法或扣除工资无法定事由，则属于违法行为。
法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第十五条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。除非存在法定允许扣除的情形，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费、赡养费以及法律、法规规定的其他费用，否则任何形式的扣工资行为都是不合法的。
协议规定与合法性分析
协议内容合法性：
- 首先，需要审查店员与用人单位签订的协议内容。如果协议中规定的扣工资事项本身违反了法律法规的强制性规定，如无故扣除工资、扣除比例过高等，那么该协议条款是无效的，用人单位不能依据此条款扣工资。
协议执行与法定事由：
- 即使协议内容合法，用人单位在执行时也必须遵循法定事由。例如，如果协议规定员工迟到将扣除一定比例的工资，但扣除的金额或比例超出了合理范围，或者无法提供员工迟到的确凿证据，那么这种扣除仍然可能是违法的。
特殊情况分析
经济损失赔偿：
- 如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除需遵循一定限度，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。若超出此限度，则属于违法行为。
无理由或乱扣工资：
- 如用人单位仅因员工轻微违纪或无充分理由就扣工资，或者扣除的金额过多，甚至影响到员工的最低生活标准，这种扣除是违法的。员工有权要求用人单位说明扣工资的理由，并提供相应证据。
维权建议
沟通协商：
- 如果员工认为用人单位扣工资的行为违法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求用人单位提供扣工资的合法依据和证据。
投诉举报：
- 协商不成时，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。劳动监察部门将依法进行调查处理，并保护员工的合法权益。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉举报未得到满意解决，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议
综上所述，店员不按协议规定扣工资是否违法，需根据协议内容的合法性、执行时的法定事由以及扣除的金额和比例等因素进行综合判断。员工应了解自己的权益，对于无理由或不合法的扣工资行为，要勇于通过沟通协商、投诉举报或申请劳动仲裁等合法途径进行维权。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。