针对您提出的问题“公司不知道员工怀孕辞退后怎么处理”，这是一个涉及劳动法中关于孕期女职工特殊保护的问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，国家对孕期、产期、哺乳期（简称“三期”）女职工实行特殊劳动保护，明确禁止用人单位无正当理由辞退孕期女职工。这一规定是基于保护女职工在特殊生理时期的权益，确保她们能够安心休养，不受工作上的压力和困扰。

一、辞退行为的合法性分析

1. 不知情不能成为合法理由：

   • 即使公司在辞退时确实不知道员工已经怀孕，但只要事后能证明员工在辞退时已处于孕期，且辞退事由属于法律禁止对“三期”女职工适用的类型（如部门撤销、客观情况变化等），该辞退行为仍属违法。

2. 法律条款依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条第四款，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依据第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。
   • 第四十五条也规定，劳动合同期满，有本法第四十二条规定情形之一的，劳动合同应当续延至相应的情形消失时终止。

二、公司辞退孕期女职工后的处理建议

1. 恢复劳动关系：

   • 如果公司已经违法辞退了孕期女职工，且女职工主张恢复劳动关系，法院通常会支持这一请求。因此，公司应考虑与女职工协商，恢复其劳动关系，并确保其孕期、产期、哺乳期的权益得到保障。

2. 支付经济补偿金：

   • 如果公司坚持不恢复劳动关系，且女职工不同意，那么公司可能需要支付双倍的经济补偿金作为赔偿。这是因为违法辞退孕期女职工属于严重违反劳动法的行为，需要承担相应的法律责任。

3. 协商解决：

   • 在处理此类问题时，建议公司采取协商的方式与女职工沟通，寻求双方都能接受的解决方案。协商可以降低解雇成本，避免法律纠纷，同时也有助于维护公司的声誉和形象。

三、预防措施与建议

1. 入职前体检：

   • 为了避免类似问题的发生，公司可以在入职前组织员工进行全面的体检，了解员工的身体状况。但需要注意的是，体检应在员工同意的基础上进行，且不得侵犯员工的隐私权。

2. 完善规章制度：

   • 公司应完善自身的规章制度，明确在何种情况下可以解除劳动合同，以及解除劳动合同的程序和要求。同时，应确保规章制度的内容符合法律法规的规定，避免因规章制度违法而引发劳动纠纷。

3. 加强法律培训：

   • 公司应加强对管理人员的法律培训，提高他们的法律意识和风险意识。通过培训，使管理人员了解劳动法的相关规定，避免在处理员工问题时因无知而违法。

综上所述，公司在不知道员工怀孕的情况下辞退员工是违法的行为。如果已经发生了此类情况，公司应考虑与女职工协商恢复劳动关系或支付经济补偿金作为赔偿。同时，公司也应采取预防措施，避免类似问题的再次发生。