员工可以按照以下步骤主张自身权益：

1. 收集证据：

   • 劳动合同与规章制度：首先，员工应仔细审查劳动合同及公司规章制度，确认其中是否明确约定了工时制度。若合同或制度中未提及综合工时制，或未经过劳动行政部门批准，则公司按综合工时制计算加班缺乏合法依据。
   • 考勤记录与加班证据：员工应保留好考勤记录、加班通知、工作记录等证据，以证明实际工作时间超出了法定标准工时（即每日8小时，每周40小时），以及公司未按标准工时制支付加班费的事实。

2. 与公司协商：

   • 在掌握充分证据后，员工可尝试与公司进行协商，要求公司按照标准工时制重新计算加班费，并补发差额部分。协商过程中，员工应明确表达自己的诉求，并出示相关证据以支持自己的主张。

3. 向劳动监察部门投诉：

   • 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，反映公司未按法定工时制度支付加班费的情况。劳动监察部门将依法进行调查，并可能对公司进行处罚，同时要求公司补发加班费。

4. 申请劳动仲裁：

   • 若投诉仍未解决问题，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，员工需提交相关证据，证明公司存在违法行为，并请求仲裁委员会裁决公司支付加班费及可能的赔偿金。

5. 提起诉讼：

   • 若对仲裁结果不满，员工还可向人民法院提起诉讼，要求法院判决公司支付加班费及赔偿金。在诉讼过程中，员工需继续提供证据支持自己的主张，并接受法院的审理和判决。

在主张权益的过程中，员工还需注意以下几点：

• 时效性：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，员工应在发现公司违法行为后尽快采取行动，以免超过时效期间而丧失维权机会。
• 合法性：员工在主张权益时，应确保自己的行为合法合规，避免采取过激或非法手段。同时，员工也应尊重公司的合法权益，通过合法途径解决争议。
• 专业性：由于劳动争议涉及复杂的法律问题，员工在主张权益时可能需要寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助员工更好地维护自己的合法权益。

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