综合工时制对员工的不利影响主要体现在加班费计算和工作时间安排上，但并不意味着加班费一定会少算，具体情况需结合实际工作时长和加班情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、综合工时制对员工的不利影响

1. 工作时间不固定：

   • 综合工时制允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，这意味着员工的工作时间可能不固定，有时需要连续工作较长时间，然后才能获得相应的休息时间。这种不固定的工作时间可能对员工的生活安排造成一定影响。

2. 加班费计算复杂：

   • 在综合工时制下，加班费的计算不是基于每天或每周的固定加班时间，而是基于整个周期内的总工作时间与标准工作时间的差额。这可能导致加班费的计算变得复杂，员工可能难以准确计算自己应得的加班费。

3. 休息时间可能受限：

   • 由于综合工时制允许在一定周期内综合计算工作时间，用人单位可能为了完成生产任务或满足业务需求，而限制员工的休息时间。这可能导致员工在周期内无法获得足够的休息，从而影响其身心健康和工作效率。

二、加班费是否会少算

1. 加班费计算原则：

   • 根据《劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应当支付加班工资。在综合工时制下，加班费的计算是基于整个周期内的总工作时间与标准工作时间的差额。如果员工在周期内的总工作时间超过了标准工作时间，那么超出部分应当按照法定标准支付加班费。

2. 加班费不会必然少算：

   • 综合工时制并不意味着加班费一定会少算。实际上，如果员工在周期内的总工作时间确实超过了标准工作时间，并且用人单位按照法定标准支付了加班费，那么员工的加班费并不会因为实行综合工时制而减少。关键在于用人单位是否严格遵守了加班费的计算规定，并准确记录了员工的工作时间。

3. 可能存在的风险：

   • 然而，由于综合工时制的复杂性，一些用人单位可能会利用这一制度来规避支付加班费的责任。例如，通过不合理地安排工作时间、不准确记录工作时间或故意混淆加班与正常工作时间等方式来减少加班费的支付。因此，员工在实行综合工时制时，应当密切关注自己的工作时间和加班情况，确保用人单位按照法定标准支付加班费。

三、建议与措施

1. 了解并熟悉相关法律法规：

   • 员工应当了解并熟悉《劳动法》及相关规定中关于综合工时制和加班费计算的内容，以便在必要时维护自己的合法权益。

2. 与用人单位明确约定：

   • 在签订劳动合同时，员工可以与用人单位明确约定综合工时制的具体实施方式、加班费的计算方法和支付时间等事项，以避免后续产生纠纷。

3. 保留相关证据：

   • 员工应当保留与工作时间和加班情况相关的证据，如工作记录、考勤表、加班通知等，以便在需要时证明自己的加班情况和应得的加班费。

4. 及时维权：

   • 如果员工发现用人单位存在未按照法定标准支付加班费等违法行为，应当及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

总之，综合工时制对员工的不利影响主要体现在工作时间不固定、加班费计算复杂和休息时间可能受限等方面，但并不意味着加班费一定会少算。员工应当了解并熟悉相关法律法规，与用人单位明确约定相关事项，保留相关证据，并在必要时及时维权。如果你还有其他关于劳动工伤或工资福利方面的问题，可以直接向我咨询。