在综合工时制下，认定职工加班主要依据总工作时间是否超出法定标准以及是否在法定节假日工作这两个核心标准。以下是对这一问题的详细解答：
一、综合工时制的基本概念
综合工时制是一种灵活的工时制度，它允许以周、月、季或年为周期来综合计算工作时间。但无论采用哪种周期，平均日工作时间和平均周工作时间都应与法定标准工作时间保持一致，即每日工作不超过8小时，每周工作不超过40小时。
二、加班的认定标准
总工作时间超标：
- 在一个综合计算周期内，如果职工的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数，那么超出部分即被视为加班。例如，若以月为周期，法定标准工作时间为166.64小时，而职工实际工作了180小时，则超出的13.36小时即为加班时间。
法定节假日工作：
- 无论综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准，职工在法定节假日工作的时间都应无条件视为加班。这是因为法定节假日是职工的休息日，用人单位安排职工在此期间工作，需要支付更高的加班工资作为补偿。
三、加班工资的计算与支付
延长工作时间的加班工资：
- 对于因总工作时间超过法定标准而产生的加班，用人单位应按照不低于职工本人小时工资标准的150%支付加班工资。这是为了补偿职工因延长工作时间而付出的额外劳动。
法定节假日的加班工资：
- 在法定节假日安排职工工作的，用人单位需按照不低于职工本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。这一标准更高，体现了对职工节假日劳动的特别补偿。
四、证据留存与权益保护
加班记录的留存：
- 用人单位应详细记录职工的加班情况，包括加班时间、事由及职工签字确认等。这些记录是证明加班事实的重要依据，也是用人单位支付加班工资的凭证。
职工提供证据的必要性：
- 职工在主张加班时，也应尽可能提供考勤记录、工作任务记录、与加班相关的沟通记录等证据。这些证据可以支持职工的加班主张，增加维权成功的可能性。
地区差异与法规遵循：
- 不同地区对于综合工时制的具体规定可能有所差异。因此，用人单位应密切关注当地法律法规和政策的变化，确保加班工资的计算和支付符合当地要求。
权益保护措施：
- 如果用人单位未依法支付加班工资或存在其他侵害职工权益的行为，职工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。这些措施可以有效维护职工的合法权益，确保加班工资的支付得到落实。
五、总结与建议
综合工时制下职工加班的认定与加班工资的支付是一个复杂而重要的问题。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保职工的合法权益得到充分保障。同时，职工也应积极了解自己的权益，并在必要时采取合法途径维护自身利益。例如，可以定期与用人单位沟通加班情况，确保加班记录的准确性和完整性；在主张加班时，积极收集并提供相关证据，以支持自己的主张。