综合工时制下，加班工资的计算需根据具体加班时段及是否超过法定标准工时综合判断，核心规则如下：

1. 周期内总工时未超法定标准，无加班工资
   综合工时制以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。若员工在周期内的总实际工时未超过法定标准工时（如月标准工时为166.64小时），即使单日工作超8小时或单周工作超40小时，也无需支付加班工资。
   例如：某员工按月综合计算工时，当月实际工作160小时，未超166.64小时标准，即使某天工作10小时，也不视为加班。

2. 周期内总工时超法定标准，超出部分按150%或300%支付加班工资

   • 工作日加班：周期内总工时超过法定标准工时的部分，按不低于工资的150%支付加班工资；
     
   • 休息日加班：综合工时制下，休息日工作是否算加班需分情况：
     
     • 若周期内总工时未超法定标准，休息日工作不视为加班，无需支付加班工资；
       
     • 若周期内总工时已超法定标准，超出部分中属于休息日工作的，仍按150%支付加班工资（因综合工时制已将休息日纳入周期统筹，不额外叠加200%标准）；
       
   • 法定节假日加班：无论周期内总工时是否超标，法定节假日工作的均按不低于工资的300%支付加班工资，且不得以调休替代。
     例如：某员工按月综合计算工时，当月法定标准工时166.64小时，实际工作180小时（其中包含国庆节1天），则超出部分13.36小时按150%支付加班工资，国庆节1天按300%支付。

3. 加班工资计算基数需明确
   加班工资的计算基数通常为劳动合同约定的工资标准，或实际履行的工资（不含加班费、奖金、津贴等）。若劳动合同未约定，可按集体合同约定或实际工资的70%确定，但不得低于当地最低工资标准。
   例如：员工月工资5000元（含绩效1000元），劳动合同未明确加班基数，则加班基数可能按4000元（5000-1000）或实际工资的70%（3500元）计算，具体以地方规定为准。

操作建议：

• 企业应依法向劳动行政部门申请综合工时制，并在劳动合同中明确工时制度及加班基数；
  
• 员工需保留考勤记录、工资条等证据，若发现加班工资未足额支付，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 各地对综合工时制的具体规定可能存在差异（如周期长度、加班上限等），建议结合地方性法规进一步核实。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。