当合同工人在工作中出现疾病时，用人单位需要依据相关法律法规来妥善处理，既要确保员工的合法权益得到保障，也要维护企业的正常运营秩序。以下是一个详细且有条理的处理流程：
一、确认病情与医疗期
要求提供医疗证明：首先，用人单位应要求员工提供合法的医疗证明，如医院出具的诊断书等，以确认其确实患病及所需的医疗期。
确定医疗期：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期的期限与员工的工作年限和在本单位的工作年限有关。用人单位需根据这些规定，结合员工的实际情况，确定合理的医疗期。
二、调整工作岗位或工作内容（如需要）
评估原岗位适应性：在医疗期内，如果员工因病情无法继续从事原岗位工作，用人单位应评估其身体状况，考虑是否需要调整工作岗位或工作内容。
与员工充分沟通：调整工作岗位或工作内容前，用人单位应与员工进行充分沟通，解释调整的原因和目的，确保员工理解并同意新的工作安排。
三、评估劳动能力（医疗期满后）
进行劳动能力鉴定：医疗期满后，用人单位应评估员工是否恢复劳动能力，能否胜任原工作或调整后的工作。可以通过专业机构进行劳动能力鉴定，以确保评估结果的客观性和准确性。
根据鉴定结果处理：根据劳动能力鉴定结果，如果员工能够胜任工作，则继续履行原合同；如果员工无法胜任工作，且双方无法就变更劳动合同内容达成协议，用人单位可以按照法定程序解除劳动合同。
四、协商解除合同或继续履行
协商解除合同：如果决定解除合同，用人单位应与员工进行充分协商，听取其意见，并依法支付经济补偿金（如有）。同时，应确保解除合同的程序合法合规，避免引发劳动争议。
继续履行合同：若员工病情稳定且能胜任工作，双方可协商继续履行合同。此时，用人单位应关注员工的身体状况和工作表现，提供必要的支持和帮助。
五、办理离职手续（如解除合同）
结算工资和福利：如决定解除合同，用人单位应依法为员工结算工资、奖金、福利等应得款项。
转移社保关系：协助员工办理社保关系的转移手续，确保其社保权益不受影响。
出具离职证明：为员工出具离职证明，明确离职原因、离职时间等信息，以便员工后续求职或办理相关手续。
六、注意事项
保护员工隐私：在整个处理过程中，用人单位应严格保护员工的个人隐私信息，避免泄露给无关人员。
遵循法定程序：所有处理步骤都应遵循法律法规的规定，确保程序的合法性和公正性。
关注员工权益：在解除合同或调整工作时，应充分考虑员工的合法权益，给予其必要的帮助和支持。
预防法律风险：用人单位应建立健全相关规章制度，明确处理此类问题的流程和标准，以降低法律风险。
综上所述，当合同工人在工作中出现疾病时，用人单位应依据相关法律法规，结合员工的实际情况，采取合理、合法的处理措施，确保员工的合法权益得到保障，同时维护企业的正常运营秩序。