针对您提出的“合同期内员工自身疾病怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益保护的重要议题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，当员工在合同期内因自身疾病需要治疗时，其合法权益是受到法律保护的。特别是对于那些患有特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等）且在短时间内难以痊愈的员工，国家通过制定医疗期相关规定给予了特别的保障。
一、医疗期的规定
医疗期是指企业职工因患病或非因公负伤停止工作治病休息，而用人单位不得解除劳动合同的期限。这个期限的长短，通常是由劳动者的累计工作年限和在本单位的工作年限来决定的，从3个月到24个月不等。但特别需要注意的是，对于某些身患特殊疾病的职工，如癌症、精神病、瘫痪等，他们应享有24个月的医疗期，不受实际工作年限的限制。如果24个月内尚不能痊愈，经企业和劳动主管部门批准，还可以适当延长医疗期。
二、用人单位的责任
在医疗期内，用人单位不得解除或终止与员工的劳动合同。这是法律对患病劳动者劳动关系的一种保护，也是国家对用人单位用工自主权的一种适当限制。用人单位应该尊重员工的医疗期，给予员工必要的治疗和休息时间，而不是以各种理由解除或终止劳动合同。
三、实际案例分析
以您提供的案例为例，如果员工在合同期内被诊断为癌症等特殊疾病，且处于医疗期内，那么用人单位是无权单方面解除或终止劳动合同的。如果用人单位违反了这一规定，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益，包括要求恢复劳动关系、支付病假工资等。
四、建议与措施
综上所述，合同期内员工因自身疾病需要治疗时，其合法权益是受到法律保护的。用人单位应该尊重员工的医疗期，给予必要的治疗和休息时间。如果员工在医疗期内被用人单位单方面解除或终止劳动合同，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。希望这些解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。