针对您提出的“员工合同期内患癌症怎么处理”这一问题，我会从医疗期、工资发放、社保缴纳以及医疗期延长等几个方面为您详细解答。

首先，关于医疗期，这主要取决于员工的实际工作年限和在本单位的工作年限。以金安区为例，实际工作年限十年以上的员工，医疗期根据在本单位的工作年限有所不同，从六个月到二十四个月不等。但需要注意的是，对于患有癌症等特殊疾病的职工，医疗期的确定可能存在一定的地区差异。有些地区，如南京市，可能规定患有此类特殊疾病的职工不受实际工作年限或在本单位工作年限的限制，直接享受24个月的医疗期。而在其他地区，如广东省和浙江省，则可能仍然按照员工的工作年限来计算医疗期，医疗期满后若尚未痊愈，可以申请延长。

其次，关于医疗期内的工资发放，根据相关规定，用人单位应当按照劳动合同和集体合同的约定向劳动者支付病伤假工资，且病伤假工资不得低于当地最低工资标准的80%。这意味着，在医疗期内，员工的工资虽然可能有所降低，但不会低于这个最低标准。

再者，关于社保缴纳，社保缴纳基数通常依据员工的实际工资来确定。在法定医疗期内，若员工的工资降低为最低工资标准的80%，社保缴纳基数也应相应调整。这样，员工在医疗期内仍然能够享受到相应的社保待遇。

最后，关于医疗期的延长，如果员工在医疗期内尚未痊愈，且符合当地规定的条件，可以申请延长医疗期。这通常需要企业和劳动主管部门的批准。

综上所述，员工在合同期内患癌症，其医疗期、工资发放、社保缴纳以及医疗期延长等处理方式可能因地区而异。建议您首先了解当地的具体规定，然后根据实际情况与员工进行沟通协商，确保员工的合法权益得到保障。如有需要，您也可以联系当地的人力资源和社会保障局进行咨询和了解相关政策。