结论：公司发短信通知限期返岗办理辞职手续的行为，在员工仅请假的情况下，一般是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析。
合法性分析
劳动合同的解除：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除应当遵循法定程序和条件。员工请假并不构成公司解除劳动合同的合法理由，除非请假行为违反了公司的规章制度且达到解除劳动合同的严重程度（如旷工达到一定天数）。
- 在员工仅请假的情况下，公司无权单方面要求员工办理辞职手续。辞职是员工的权利，而非公司的权利，公司不能强迫员工辞职。
通知方式的合法性：
- 即使公司认为员工存在需要解除劳动合同的情形，也应当通过正式、合法的通知方式告知员工，如书面通知，并明确说明解除劳动合同的理由和依据。
- 短信通知虽然便捷，但在法律上可能不被视为正式、有效的通知方式，尤其是在涉及劳动合同解除等重大事项时。
可能的法律后果
违法解除劳动合同的赔偿：
- 如果公司违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金的计算通常依据员工在公司的工作年限和月工资水平。
恢复劳动关系：
- 在某些情况下，员工还可以要求公司恢复劳动关系，即继续履行原劳动合同。
员工应对建议
保留证据：
- 员工应当保留好请假的相关证据，如请假条、短信通知等，以备不时之需。
与公司沟通：
- 员工可以与公司进行沟通，了解公司要求办理辞职手续的具体原因，并表达自己的立场和诉求。
寻求法律帮助：
- 如果公司坚持违法解除劳动合同，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
公司合规建议
完善规章制度：
- 公司应当完善规章制度，明确请假、旷工等行为的处理方式和程序，以及劳动合同解除的条件和程序。
合法通知员工：
- 在涉及劳动合同解除等重大事项时，公司应当通过正式、合法的通知方式告知员工，并明确说明理由和依据。
尊重员工权益：
- 公司应当尊重员工的合法权益，避免违法解除劳动合同等行为的发生，以维护良好的劳动关系和企业形象。
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