不合法，用人单位不得以未按照合同约定离职为由克扣工资。以下从不同角度进行分析：

1. 工资支付义务的法定性
   根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第七条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。用人单位的工资支付义务具有法定性，与劳动者是否按合同约定离职无直接关联。即使劳动者未提前30日通知离职或违反合同约定，用人单位仍需支付其已提供劳动期间的工资。

2. 合同约定与法律冲突的处理
   若劳动合同中约定“未按流程离职则扣发工资”，该条款因违反《劳动合同法》第二十六条“排除劳动者权利”的规定而无效。法律对工资支付的强制性规定优先于合同约定，用人单位不得通过内部规则规避法定义务。

3. 用人单位的合法救济途径
   若劳动者未依法离职给用人单位造成损失（如未交接工作导致经济损失），用人单位可依据《工资支付暂行规定》第十六条，通过以下方式主张权利：

   • 要求劳动者赔偿实际损失；
     
   • 从劳动者工资中扣除赔偿费用，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
     但赔偿与工资支付是独立法律关系，用人单位不得以赔偿为由拒付工资。

4. 劳动者维权路径
   若用人单位克扣工资，劳动者可采取以下措施：

   • 向当地劳动监察大队投诉（时效2年内）；
     
   • 申请劳动仲裁（时效1年），主张足额支付工资及50%-100%赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）；
     
   • 若对仲裁结果不服，可向法院提起诉讼。

建议：劳动者应保留劳动合同、工资条、考勤记录等证据，离职时尽量通过书面形式（如邮件、微信）与用人单位确认工作交接情况。若遇克扣工资，可直接向我咨询具体维权方案。