针对您提出的“公司说加班要申请才有加班费是否合法以及该怎么办”的问题，以下是我的详细解答：

一、公司规定的合法性

公司在劳动合同中规定加班必须提交申请且审批后才算加班，这一规定本身并不违法。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者延长工作时间（即加班），应当支付高于正常工作时间工资的工资报酬。虽然法律并未强制要求所有加班都必须经过书面申请和审批程序，但鼓励用人单位建立健全加班管理制度，以确保劳动者的合法权益不受侵害。因此，如果劳动合同中明确规定了这一流程，那么它对双方是具有约束力的。

二、公司规定的合理性

1. 管理需要：公司制定加班申请和审批制度，主要是为了规范加班行为，防止随意加班和滥用加班的情况发生。通过审批程序，公司可以更加合理地安排工作任务，避免不必要的加班，从而提高整体的工作效率。

2. 证据留存：加班申请和审批记录也是证明劳动者加班事实的重要证据。在发生劳动争议时，这些记录有助于维护公司和劳动者的合法权益，确保双方的权益得到公正的处理。

三、应对策略

1. 了解并遵守公司规定：作为劳动者，您应该首先了解并严格遵守公司的加班申请和审批制度。在需要加班时，按照公司规定的流程提交申请，并等待审批结果。

2. 保留加班证据：尽管公司有加班申请和审批制度，但您仍应保留好与加班相关的证据，如加班通知、工作记录等。这些证据在发生劳动争议时可能起到关键作用。

3. 与上级或人力资源部门沟通：如果您对公司的加班规定有疑问或认为规定不合理，可以与上级或人力资源部门进行沟通。通过沟通，您可以更好地了解公司的立场和意图，同时也可以表达自己的观点和诉求。

4. 寻求法律援助：如果您认为公司的加班规定违反了法律法规或侵害了您的合法权益，您可以寻求法律援助或咨询专业律师。他们可以为您提供法律建议和支持，帮助您维护自己的权益。

四、特殊情况下的处理

1. 紧急任务或突发事件：如果因紧急任务或突发事件需要立即加班，而无法及时提交加班申请，您应事后尽快补办相关手续。同时，您也可以与公司沟通说明情况，确保公司了解您的加班事实。

2. 未经批准的加班：如果您未经批准自行加班，且公司未予认可，那么这部分加班时间可能不被视为有效加班时间。因此，在加班前请务必遵守公司的加班申请和审批制度。

综上所述，公司规定加班要申请才有加班费并不违法，但您应了解并遵守相关规定，同时保留好加班证据以备不时之需。如有疑问或认为规定不合理，请及时与上级或人力资源部门沟通并寻求法律援助。