十二小时工作制下，加班的计算需结合具体工时制度及法律规定进行，核心结论如下：

1. 标准工时制下的加班计算
   根据《劳动法》第三十六条，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时。若实行十二小时工作制，超出8小时的部分均属加班。具体计算为：

   • 工作日加班：每日超出8小时的部分，按不低于工资的150%支付加班费；
     
   • 休息日加班：若十二小时工作制覆盖周末且未安排补休，按不低于工资的200%支付加班费；
     
   • 法定节假日加班：无论是否调休，均按不低于工资的300%支付加班费。
     注意：标准工时制下，劳动者每月加班总时长不得超过36小时（依据《劳动法》第四十一条），十二小时工作制可能因总工时过长而涉嫌违法。

2. 综合计算工时制下的加班计算
   若企业经劳动行政部门批准实行综合计算工时制（如以周、月为周期），则需以周期内总工时判断是否加班：

   • 周期内总工时超标：例如月周期内总工时超过166.64小时（20.83天×8小时），超出部分按150%支付加班费；
     
   • 法定节假日加班：即使周期内总工时未超标，法定节假日工作的仍需按300%支付加班费。
     关键点：十二小时工作制需在综合计算周期内平均分配工时，且需确保劳动者健康权不受侵害。

3. 不定时工作制下的加班计算
   若企业经批准实行不定时工作制（如高管、外勤人员），一般无需支付加班费，但法定节假日工作的仍需按300%支付。
   限制：十二小时工作制通常不适用于不定时工作制，因该制度需满足“无法按标准工时衡量”的前提（如长途运输司机）。

实务建议：

• 劳动者可要求企业出示劳动行政部门批准的特殊工时制文件，确认自身工时制度类型；
  
• 若企业未依法支付加班费，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张加班费及经济补偿；
  
• 长期十二小时工作制可能涉及强迫劳动或违反《劳动法》第三十八条（保障劳动者休息权），劳动者有权拒绝并主张解除合同及赔偿。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询。