公司因员工考试不及格而扣工资通常是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定事由（如代扣个税、社保等），否则用人单位无权随意扣除员工的工资。考试不及格并不属于这些法定事由之一。
《工资支付暂行规定》第十六条：指出只有在特定情况下，如劳动者给用人单位造成经济损失时，用人单位才可以从劳动者本人的工资中扣除一定数额作为赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。考试不及格并不构成给用人单位造成经济损失的法定情形。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：规定用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。这进一步强调了用人单位不得无故克扣员工工资的法律责任。
二、罚款行为的性质与后果
罚款行为的性质：公司对考试不及格的员工进行罚款，本质上是一种克扣工资的行为，违反了上述法律规定。
可能的法律后果：如果公司坚持对员工进行罚款，可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令限期支付被克扣的工资、加付赔偿金等。同时，员工也有权通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。
三、合法的管理方式建议
培训与教育：对于考试不及格的员工，公司可以采取培训、辅导等措施，帮助他们提升业务能力和知识水平，而不是简单地通过罚款来惩罚他们。
绩效考核：可以将考试成绩纳入绩效考核体系，但应确保考核标准的合理性和公正性，并且考核结果应与薪酬调整、晋升等挂钩，而不是直接作为罚款的依据。这样既能激励员工提升自我，又能避免违法克扣工资的风险。
四、特殊情况说明
如果公司能够证明员工考试不及格与公司的经济损失之间存在直接因果关系，并且这种经济损失是由于员工的故意或重大过失造成的，那么公司可能在一定程度上有权要求员工赔偿。但即便如此，赔偿的方式和金额也应遵循相关法律法规的规定，不能随意克扣员工工资。
综上所述，公司因员工考试不及格而扣工资通常是不合法的。如果公司希望提升员工的业务能力和知识水平，应采取合法、合理的管理方式，如培训、教育和绩效考核等。如果员工遇到公司违法克扣工资的情况，应及时向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。