公司单独针对某部门考试不合格扣绩效工资，这一做法是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，公司有权根据自身的经营需要和员工的工作表现，制定合理的绩效考核制度。如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了考试不合格将扣减绩效工资，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，也不存在显失公平或欺诈、胁迫等情形，那么公司按照这一规定执行，是合法的。
   • 建议：员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于绩效考核和工资扣减的部分，确保自己了解并同意公司的相关规定。如果公司后续修改了规章制度或劳动合同，员工也应及时了解并确认是否接受新的规定。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定，或规定违法：

   • 违法性分析：如果公司没有在规章制度或劳动合同中明确规定考试不合格将扣减绩效工资，或者这一规定违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工资支付规定等），那么公司单独针对某部门考试不合格扣绩效工资的做法就是违法的。此外，如果公司的绩效考核制度存在显失公平或欺诈、胁迫等情形，也可能被认定为违法。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司违法扣减员工工资的，员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可能要求公司支付赔偿金。如果因此引发劳动争议，员工还可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
   • 建议：如果员工认为公司的绩效考核制度或工资扣减规定违法，可以先与公司进行协商，要求公司改正。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者按照上述法律程序维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 公司在制定绩效考核制度时，应确保制度的合理性、公平性和透明性，避免因为制度不合理或执行不公而引发劳动争议。
• 员工在面对公司的不合理规定或做法时，应勇敢维护自己的合法权益，不要因为担心失去工作而选择沉默或妥协。

总结：公司单独针对某部门考试不合格扣绩效工资是否合法，取决于公司的规章制度或劳动合同中是否有明确规定，以及这一规定是否违反了法律法规的强制性规定。如果规定合法且合理，公司可以执行；如果规定违法或不合理，员工有权要求公司改正并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。