结论：公司绩效考核对员工扣绩效工资是否合法，需根据具体情况判断，主要看绩效考核制度是否合法有效、是否与员工协商一致、是否合理以及是否符合劳动合同的约定。以下从不同角度详细分析：
绩效考核制度的合法性
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 分析：如果公司的绩效考核制度未经上述民主程序制定，或者未向员工公示、告知，那么该制度可能不具备法律效力，公司依据此制度扣绩效工资可能不合法。
绩效考核制度与劳动合同的约定
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
- 分析：如果劳动合同中明确约定了员工的工资构成，包括绩效工资部分，且绩效考核制度作为劳动合同的附件或补充协议，经双方协商一致并签字确认，那么公司依据此制度扣绩效工资是合法的。但如果劳动合同中未明确约定绩效工资，或者公司单方面变更工资构成，未经员工同意，那么公司扣绩效工资可能不合法。
绩效考核的合理性
- 分析：即使绩效考核制度合法且经员工同意，但如果考核标准不明确、考核过程不透明、考核结果不公正，导致员工被不合理地扣减绩效工资，那么这种扣减也是不合法的。例如，如果公司设定的考核指标过高，几乎无法达到，或者考核过程中存在主观臆断、偏见等情况，都可能构成不合理的扣减。
实际操作中的建议
- 员工角度：如果员工认为公司扣绩效工资不合法，可以先与公司沟通协商，要求公司出示绩效考核制度、考核标准、考核结果等相关证据，并说明扣减的理由。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 公司角度：公司应确保绩效考核制度的合法性和合理性，与员工充分沟通并达成一致。在制定考核标准时，应明确、具体、可衡量，避免主观臆断和偏见。同时，公司应保留完整的考核记录和证据，以备不时之需。
举例说明：假设某公司制定了一套绩效考核制度，规定员工每月需完成一定数量的销售任务，未完成则扣减相应比例的绩效工资。该制度经职工代表大会讨论通过，并向全体员工公示。员工小李在入职时，公司已与其明确约定了工资构成，包括绩效工资部分，并告知了绩效考核制度。某月，小李因个人原因未完成销售任务，公司依据制度扣减了其部分绩效工资。在此情况下，公司的做法是合法的。
总结与建议：公司绩效考核对员工扣绩效工资是否合法，需综合考虑多个因素。作为员工，应了解自己的权益和公司的规章制度；作为公司，应确保制度的合法性和合理性，并与员工充分沟通。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律解答。