针对您提出的“违法占地厂房上项目怎么办”的问题，这是一个涉及土地管理和城乡规划法规的复杂问题。以下是我根据相关法律法规，为您提供的详细解答：
一、违法占地建房的认定
首先，需要明确的是，违法占地建房是指未经批准或违反批准内容，擅自占用土地进行建设的行为。这包括非法占用国有土地或集体土地，以及城镇居民违规占用农村集体土地建房等情况。在认定违法占地建房时，相关部门会考虑占地的具体位置、面积、用途，以及是否存在违反城乡规划或土地管理法规的行为。
二、处理原则与方式
对于违法占地建房的行为，处理原则必须严格遵循相关法律法规，确保处理的合法性和公正性。同时，应充分尊重和保护当事人的合法权益。处理方式主要包括以下几种：
行政处罚：
- 相关部门会责令违法者退还土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物，恢复土地原状。
- 对于符合土地利用总体规划的违规建筑，可予以没收，并处以罚款，罚款标准通常为每平方米100元至1000元。
补办手续：
- 如果建房行为符合乡村规划但未履行审批手续，建房者可以向相关部门申请补办用地和建设审批手续。
- 补办过程中可能需要缴纳相关费用，如土地复垦费等。
追究刑事责任：
- 在严重情况下，如构成非法占用农用地罪等，违法者将面临刑事追诉。
- 涉及国家工作人员的违规行为，还将依法给予行政处分。
三、针对不同情况的详细处理
非法占用国有土地建房：
- 相关部门会通过调查、实地勘查等方式核实违规事实。
- 确认违规后，自然资源主管部门会责令违法者退还土地，并限期拆除建筑物。
非法占用集体土地建房：
- 如果不符合乡村规划，乡、镇人民政府会责令停止建设，并限期改正；逾期不改正的，乡镇政府可组织拆除。
- 如果符合乡村规划但未履行审批手续，建房者可以申请补办手续并缴纳相关费用。
城镇居民违规占用农村集体土地建房：
- 严禁城镇居民在农村购置宅基地或违法建造住宅。
- 一般处理方式是责令退还占用的土地，并限期拆除房屋。
四、法律责任与后续措施
保护当事人权益：
- 在处理过程中，应确保当事人的听证权、申诉权等合法权益得到保障。
加强宣传教育与监管：
- 通过宣传教育提高公众对土地资源和城乡规划的认识。
- 加强监管力度，预防类似违规行为的发生。
五、建议与总结
为了有效预防和打击违法占地建房行为，我建议您：
- 了解并遵守相关法律法规：在占地建房前，务必了解并遵守土地管理和城乡规划的相关法律法规。
- 及时咨询相关部门：如有疑问或需要办理相关手续，及时咨询当地自然资源主管部门或乡、镇人民政府。
- 积极参与监督与管理：鼓励公众参与土地资源和城乡规划的监督与管理，共同维护土地资源的合理利用和城乡规划的顺利实施。
综上所述，违法占地建房是一个复杂的法律问题，需要根据具体情况和性质依法处理。希望以上解答能对您有所帮助。如有进一步疑问或需要具体指导，请随时咨询相关部门或专业律师。