结论：来姨妈肚子疼请假领导不批算旷工是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从请假制度与程序角度
若公司有明确且合理的请假制度：
- 许多公司会制定详细的请假流程和规定，包括病假的申请条件、审批程序等。如果公司制度中明确规定，员工因身体不适需要请假时，需按照特定流程（如提前提交请假申请、提供医疗证明等）进行申请，而员工未遵循这些流程，即使确实身体不适，领导不批请假并认定为旷工，从公司制度执行的角度来看，可能是合法的。
- 举例：公司规定员工病假需提前一天提交书面请假申请，并附上医院开具的病假证明。若员工未提前申请且未提供证明，领导不批并算旷工，这符合公司制度。
若公司请假制度不合理或未明确规定：
- 如果公司的请假制度存在模糊不清、不合理或未对特定情况（如女性生理期疼痛）作出明确规定的情况，领导单纯以未批准请假就认定旷工，可能缺乏合理依据。
- 举例：公司制度中未提及女性生理期疼痛请假的相关规定，员工因疼痛难忍临时请假，领导直接算旷工，这种做法可能不太合理。
二、从劳动法律法规角度
一般病假规定：
- 根据劳动法律法规，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，用人单位应当给予一定的医疗期，并支付病假工资。但这里的“患病”通常指的是需要医疗诊断和治疗的疾病，对于女性生理期疼痛，如果未达到需要医疗干预的程度，可能不被直接认定为“患病”。
- 然而：如果女性生理期疼痛严重到影响正常工作，且员工能够提供医疗证明（如医生建议休息的证明），那么领导不批请假并算旷工可能违反劳动法律法规中关于病假的相关规定。
特殊保护规定：
- 目前劳动法律法规中并未明确规定女性生理期疼痛必须给予病假或特殊保护。但一些地方性法规或公司内部政策可能对此有所规定。如果所在地区或公司有此类规定，领导不批请假并算旷工可能违反这些规定。
三、建议与行动
与公司沟通：
- 首先，尝试与领导或人力资源部门沟通，说明自己的身体状况和请假需求，看是否能够得到理解和批准。
提供医疗证明：
- 如果疼痛严重，建议及时就医并获取医疗证明，以便在需要时提供给公司作为请假的依据。
了解公司制度与法律法规：
- 仔细阅读公司的请假制度和相关劳动法律法规，了解自己的权益和义务。
寻求法律援助：
- 如果认为公司的做法违反了劳动法律法规或自己的合法权益受到了侵害，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
最后：每个具体情况都可能有所不同，如果你对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。