不舒服请事假不批算旷工是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
员工请病假的权利：
- 员工因病不能上班时，有权向公司请病假，这是员工的合法权益，受法律保护。根据相关法律法规，劳动者享有因病获得治疗和休息休假的权利。
公司批准病假的义务：
- 如果员工已经按照公司规章制度的要求，及时提交了合理的请假申请，并提供了充分的证明材料（如正规医院出具的诊断证明、病历、病假条等），足以证明其生病需要休息治疗，那么公司无正当理由不批准病假是不合法的。
- 在这种情况下，员工按照医生建议休息而未上班，不应被认定为旷工。因为员工已经尽到了告知和申请的义务，是公司的不当处理导致了员工的缺勤。
公司规章制度的重要性：
- 公司为了保证正常的生产经营秩序，会制定合理的请假制度，要求员工提前申请并提供相应证明。员工应遵守这些规定，否则公司有权根据规章制度进行处理。
- 如果员工未按规定提交请假申请或材料不完整、不真实，公司不批准请假并将员工未上班认定为旷工，这种做法通常是合法的。
特殊情况的考虑：
- 在某些特殊情况下，如紧急工作任务或公司特定规定等，即使员工提交了病假申请，公司也可能有合理的理由不批准，并按旷工处理。但这需要公司能够提供充分的证据证明其决定的合理性。
争议解决途径：
- 如果员工认为公司将其认定为旷工的行为不合法，可以先与公司进行沟通协商，争取妥善解决。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，不舒服请事假不批算旷工是否合法，取决于员工是否按规定提交申请材料、公司是否合理审批以及双方是否遵循法律法规和公司规章制度等因素。在大多数情况下，如果员工提供了合理的请假手续，公司不批病假并视为旷工是不合法的。然而，在一些特殊情况下，公司的做法可能具有一定的合理性。因此，员工在请假前应仔细了解公司的请假流程并按照规定操作，以避免不必要的纠纷。如果遇到公司不合法处理病假的情况，应及时采取措施维护自己的合法权益。