有正当理由请假不批准按旷工处理，一般是不合法的。关键在于劳动者的请假理由是否正当、证据是否充分，以及是否按照用人单位的合理请假流程进行了申请。以下是对此问题的详细分析：
一、旷工的定义与法律依据
旷工通常指的是劳动者无正当理由，未按照用人单位规定的出勤时间和要求到岗工作的行为。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应在依法制定的规章制度中规定对旷工的处罚办法。但这些规定必须合法且合理，不能违反劳动法的相关规定。
二、请假不批的情形分析
请假理由或程序不符合规定：
- 若劳动者的请假理由不充分或请假程序不符合用人单位的规定，用人单位有权不予批准。此时，若劳动者不出勤，则可能构成旷工。但这种情况并不适用于劳动者有正当理由且程序合规的情况。
请事假：
- 事假因个人私事而请，若用人单位认为理由不充分而不予批准，劳动者应遵守劳动纪律出勤。但若劳动者有正当理由（如突发疾病、近亲属突发重大紧急状况等），并已提供充分证据（如医院诊断证明、相关证明材料等），且按照用人单位规定的请假流程提出了申请，即使未获批准，也不应认定为旷工。
请病假：
- 对于因病请假的劳动者，若已提供合法医疗证明，用人单位应予以批准。若不批，则属于违法行为，劳动者可向劳动管理部门投诉。
三、用人单位规章制度的合理性
- 用人单位的规章制度应明确规定旷工的定义、请假流程及审批程序，并确保这些规定合法、合理且不违反劳动法的相关规定。若用人单位的规章制度过于严苛或不近人情，导致劳动者即使有正当理由也难以获得批准，那么这样的制度可能需要重新审视和调整。
四、劳动者的应对措施
- 在遇到有正当理由但请假不批的情况时，劳动者应先与用人单位沟通协商，尝试解释自己的情况和理由，并了解用人单位的具体规定和要求。
- 若无法协商解决，劳动者可以向劳动行政部门寻求帮助，或者通过申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在仲裁请求中，劳动者可以要求用人单位给予相应数额的赔偿金。
五、法律建议
- 作为劳动者，在请假前应了解用人单位的请假制度和流程，确保自己的请假申请符合规定。
- 同时，劳动者应保留好相关证据（如医院诊断证明、相关证明材料等），以备不时之需。
- 用人单位也应审视和完善自己的规章制度，确保其既符合法律法规的要求，又能够体现人性化和合理性。
综上所述，有正当理由请假不批准按旷工处理一般是不合法的。劳动者在遇到此类情况时，应积极维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。