工厂以肚子疼请假未批而算旷工的处理方式需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若员工已履行合法请假程序，工厂单方面认定为旷工可能违法
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因身体不适需请假时，应按工厂规章制度提交病假申请（如提供医院诊断证明、病假条等）。若员工已通过合理方式（如书面申请、线上系统提交）履行请假手续，且材料真实有效，工厂无正当理由拒绝并认定为旷工，可能违反《劳动合同法》第三十八条关于“未按照劳动合同约定提供劳动条件”的规定。员工可保留请假记录、医疗证明等证据，通过劳动仲裁主张工厂违法，要求撤销旷工认定或赔偿损失。

2. 若员工未履行合法请假程序，工厂认定旷工可能合法但需注意合理性边界
   若员工仅口头请假或未提交任何医疗证明，工厂有权根据规章制度拒绝批准。但需注意：

   • 规章制度合法性：工厂的请假制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因“未告知劳动者”而被认定无效（《劳动合同法》第四条）；
     
   • 旷工认定的合理性：若员工因突发疾病无法提前请假（如急性肠胃炎），事后及时补交证明的，工厂不应直接认定为旷工。根据《劳动部关于加强企业伤病长休职工管理工作的通知》，企业应允许员工事后补办手续。

3. 员工可采取的维权步骤

   • 协商：与工厂人事部门沟通，说明请假情况并提交医疗证明，要求撤销旷工认定；
     
   • 投诉：向当地劳动监察大队举报工厂违法扣减工资或威胁解除合同（《劳动保障监察条例》第十一条）；
     
   • 仲裁：若工厂坚持认定旷工并扣罚工资、解除合同，员工可在1年内申请劳动仲裁，主张工厂违法解除需支付赔偿金（2N倍月工资）。

建议：立即收集请假记录（如微信申请截图）、医疗证明（如门诊病历、缴费单据），并书面要求工厂出具旷工认定的书面依据。若工厂拒绝沟通，可进一步向我咨询具体维权方案。